1949年前，雷震（1897.6.25-1979.3.7）深得蒋氏倚重，先后在国民政府担任要职。1949年4月3日，雷震与王世杰到溪口看蒋介石，第一次向蒋透露了他们和胡适等人想在上海《自由中国》杂志的意思，蒋“表示赞成并愿赞助”，接着共军过江而梦碎。1949年10月雷震赴台湾，再次与杭立武讨论办刊事务，杭当时是教育部部长，由他出面资助《自由中国》的成立。11月20日，《自由中国》半月刊在台北创刊，在美国的胡适挂名发行人，以雷震为实际负责人，负责经费、邀稿、撰稿、校对、主持编辑会议。在蒋介石为宣示政治改革决心以取得美援背景之下，自由派人士纷获见用，1950年雷震被蒋介石聘为国策顾问。他曾于1950年、1951年年两度代表蒋介石赴港宣慰反共人士。
《自由中国》为半月刊，逢每月的一号、十五号出刊。创刊号上发表了胡适的《民主和极权的冲突》一文，文章说：民主“是由一般爱好自由的个人主义者联手创造的，这些人重视自由，胜过他们的日用饮食，酷爱真理，宁愿牺牲他们的性命”。
起初，军队的官兵当时几乎人手一册《自由中国》。随着韩战的爆发，蒋介石重获美国支持，原本希望任用自由派人物争取美援的必要性大减；加上国民党实施党改造后，强人政治体制逐渐巩固。党内的自由派人物纷纷离开权力核心。在这种情况下，《自由中国》从批判共产主义转向检讨台湾内部问题。
1951年6月1日《自由中国》发表了夏道平执笔的题为《政府不可诱民入罪》的社论，批评了保安司令部“钓鱼执法”搞敲诈勒索。引起各方强烈反应。军方遂停止订阅该杂志。保安司令部甚至开出了逮捕某些编辑人员的公文，由于省主席吴国祯的干预，特务抓人未逞。后在多方调解下，《自由中国》杂志社只得妥协，发表社论肯定它们的政策。胡适在美读到了前后两篇截然相反的文章非常愤怒，8月11日给雷震写信，批评当局压制言论自由，表示要辞去“发行人”一职以示抗议。由于此信在《自由中国》公开发表，保安司令部对雷进行围剿。彭孟缉甚至诬指雷震有套汇之嫌，由保安司令部军法处发出传票，雷震却拒绝出庭。此事前后整整闹了3个月，最后还是副总统陈诚奉劝彭等人要“适可而止”，才告一段落，但《自由中国》半月刊从此受到情治单位的长期监视。胡适终于在1953年辞去了“发行人”的头衔。
国民党退守台湾后，蒋经国、陈诚等认为：失去大陆的原因是自由过多。这和孙中山的思想一致——二次革命失败是自由过多，所以党员必须打手印效忠孙中山。胡适、雷震等认为：因没有贯彻民主政治，导致腐化而丢了大陆。所以，要搞多元制衡的民主。胡适在《自由中国》杂志三周年纪念茶会上，强调“民主社会中很重要的一件事，就是言论自由。”“民主政治最要紧的基础，就是建立合法地批评政府，合法地反对政府，合法地制裁政府的机制。”他认为言论自由是需要争取的，他希望“在朝的应该培养鼓励合法的反对；在野的应该努力自己担负起这个责任，为国家做诤臣，为政府做诤友。有这种精神才可以养成民主自由的风气和习惯”。
1953年《自由中国》杂志发表“国民大会要走到哪里去”、“舆论的反省”，出版《监察院之将来》一书，主张将“监察院”改为“参议院”，立法院”改为“众议院”。1953年因“再期望于国民党者”、“监察院之将来”两文，雷震被蒋介石免去“国策顾问”一职。
雷震1954年发表“行宪六年”“行宪与守法”、“这是国民党反省的时候”、“确立文人治军制度”，在《祖国》周刊发表“反对党与民主政治”等文。在“我们五年来的工作重点”一文中强调自由与民主；实行法治建立政治制度；希望出现有力的反对党；团结民主国家和反对力量；鼓励自由经济的制度；建立独立性与批评性的舆论。
国民党当局要求每个学生背诵“三民主义读本”、“总理遗训”、“总统训词”，其强制做法激起反弹，学生、家长无不怨声载道。1954年5月底，余燕人、黄厂风、广长白3位家长投书《自由中国》半月刊，对“党化教育”严重干扰学校的正常教育，提出言辞激烈的批评：“规定学生来念的课外东西太多了……眼看着我们的子女‘戴月披星’、‘三更眠、五更起’的愁眉苦脸的抱着这些书来啃，真正的课业，反而丢在一旁……我们的教育应该是自由的教育，而不是任何一党包办的党化教育……全省的公立学校，都是用纳税人的钱来办的。教育当局和救国团不可借教育之名而行党化之实……”。
是否刊发这封读者来信，编辑部在争论。鉴于与当局的关系开始恶化，不少人反对刊发此信。雷震、殷海光、夏道平等认为：这封来信不仅反映了教育界的真实，还指出了“救国团”这样的组织是非法的，可进一步检讨国民党的问题。《自由中国》最后以《抢救教育危机》的题目刊发了此信。该文抨击了教育当局与蒋经国的“青年反共救国团”在中学推行党化教育，硬逼着学生作《我心中的国民党》等无聊的作文，痛批党化教育之害。果然，当局大为恼怒，1954年12月，蒋介石以“不守党纪，影响国民党名誉”为由，下令开除雷震的党籍。但没有通知雷震本人，而是在《中央日报》上发了一则消息。国民党秘书长唐纵表示雷震到台湾后并没有参加国民党的归队登记，蒋中正说：“没有党籍也要开除！”此后，《自由中国》就纯粹变成一份民间杂志，而且逐渐以批判（国民党）为其务。
1955年《自由中国》因报导“孙元锦自杀事件”导致出刊被阻，后被迫改版。
1956年10月的《自由中国》“祝寿专号”更是集中火力抨击国民党“一党独大”。雷震写社论要求蒋介石不要连任总统，要求施军队国家化，反对在军队设立国民党党部。徐复观的文章《我所了解的蒋总统的一面》，入木三分地剖析了蒋介石的性格……祝寿专号酣畅淋离，引起了极大轰动，一时洛阳纸贵，连印9次以上。由此而引起许多国民党官方刊物的围剿。
蒋经国的机密刊物《特种指示》指责《自由中国》“经常发表反动言论，散布毒素思想”，并要台湾社会“防止思想走私”。1957年1月，蒋经国说：今天如果要讲自由，那就是“牺牲个人自由来为国家争自由”因为“总理说过：‘自由万不可再用到个人上去，要用到国家上去，个人不可太过自由，国家要得完全自由’”。雷震随即发表《我们的态度》一文，强调《自由中国》杂志“对人无成见，对事有是非”。雷震受到了特务的盯梢和恐吓。然而，他毫不退缩，随时准备赴死，绝不请求美国大使馆保护（方励之匆匆进了美国大使馆）。雷震回忆说：《自由中国》的稿子一送印刷所，特务就去索取稿子找麻烦。印刷厂不胜其烦，不愿续印了。十余年的时间先后换了7家印刷厂。
1957年4月1日，《自由中国》鼓吹成立反对党。1957年7月～1958年3月《自由中国》陆续刊登系列社论“今日的问题”，先后发表15篇社论，指出蒋政府一党独大，为所欲为。社论认为“反对党是解决一切问题关键之所在”，要求取消一党专政。公开提出建立反对党，以此制衡国民党在台湾的一党统治。《自由中国》大声鼓吹新党，同时发起组织“中国地方自治研究会”。
蒋介石透过王云五向胡适劝说，希望他不要组织新党，将安排他为中央研究院院长，并解决其住房，以此作为交换的条件；胡适接受了蒋的安排。蒋接到王云五的通知后，立即安排人在中央研究院为胡适盖住房，并迫使胡适的好友朱家骅离开中央研究院院长的职务，以便让胡适顺利接任。1957年底胡适被任命为“中央研究院”院长，1958年4月8日胡适回到台湾就任研究院院长。
1958年6月针对《出版法》的通过，《自由中国》发文谴责，使出版品不待法院的审判，行政官署可直接径行予以处分，这是立法史上可耻的一页，鼓励大家努力争取言论自由。
1959年1月1日《自由中国》发表社论，指出“蒋介石想要继续担任第三任总统是违法的”。1959年6月，《自由中国》发表2篇文章反对蒋介石第三次连任总统。蒋虽然暴跳如雷，但只在内部下发了一个《向毒害思想总攻击》的小册子，号召党内外组织舆论对雷震进行“笔伐”，以消除其“恶劣影响”，蒋仍然只是用“以其人之道还制其人之身”的方法。
1959年初《自由中国》第2期刊出《军人也赞成反对党》、《革命军人为何要以狗自居》的两篇文章，署名为陈怀琪。引出当局操控下的诉讼，陈怀琪以“伪造文书”、“诽谤”等罪名控告，台北地方法院开庭审理雷震。雷震当庭说：坚决反对在军队中宣传党派的党义。当时，有很多青年学生支持雷震，有人为雷震募捐。
1959年3月16日，《自由中国》刊登了胡适《容忍与自由》一文，表达“容忍比自由更重要”。所谓的容忍，只能发生在正义与正义者之间，它绝对无法存在于正义与非正义者之间；正如同黑暗与光明、撒旦与天使、邪恶与正义之间，绝对没有互相容忍的可能。难道可怜的奴隶，必须容忍统治者的压迫与凌虐？难道人间的正义，必须容忍邪恶的压迫与欺侮？难道人类的自由，必须容忍被不义者所剥夺？难道好人，必须容忍坏人的压迫与欺侮？难道所有的人民，必须容忍专制统治者的压迫与凌虐？胡适的容忍概念，未免太离谱了！
人类对待黑暗的势力与邪恶的政权，必须用最坚强与有力的方式，来彻底铲除它们，这才是人类应有的态度，也是人类维护绝对正义的基本立场。在爱与正义的立场上，人类绝对不可以对人间的不公与不义，作任何的容忍与妥协；这就好像，一个人身上长了毒瘤，这个人必须按照医生的指示，勇于接受开刀治疗，而不应该消极地容忍这个毒瘤继续生长。
胡适反对蒋介石违宪连任；但蒋介石坚持要连任时，他便见风转舵，完全配合蒋介石的要求。胡适竟然参加蒋介石第三次连任的国民大会开幕典礼（1960年2月20日），无形当中，等于为蒋介石的违宪连任背书，他是被收买了的文人。
1960年《自由中国》杂志连发7篇论反对党的文章，宣称：没有强大的反对党不可能有健全的民主政治。《自由中国》第22卷第10期的社论说：大家要不怕流血来反抗专制统治，国民党若执迷不悟，那就只有等待再革命，再流血吧！
5月4日雷震发表了《我们为什么迫切需要一个强有力的反对党》，鼓吹成立反对党参与选举以制衡执政党。5月18日非国民党籍人士举行选举改进检讨会，主张成立新党，要求公正选举，实现真正的民主。决议即日起组织“地方选举改进座谈会”，雷震担任地方选举改进座谈会召集委员，与李万居、高玉树共同担任发言人。6月26日，雷宣布李万居、高玉树、雷震3人为新党发言人；雷震、李万居、夏涛声、吴三连、郭雨新、齐世英、郭国基、黄玉娇等17人为召集委员，由雷任新党秘书长。国民党三大党报《中央日报》、《中华日报》、《新生报》于是对雷震等人予以反击，宣称组建新党是配合中共“统战政策”、“造成台湾混乱”、“企图颠覆政府阴谋”。7至8月间举行四次分区座谈会，情治单位进行密切监控。8月底雷震发表紧急声明，宣布“中国民主党”成立。
1960年9月1日，《自由中国》刊出殷海光执笔的社论《大江东流挡不住》，声言组党就像民主潮流，乃是无可阻挡。此言论触及了蒋介石的容忍极限。1960年9月4日，政府一举逮捕雷震、傅正、马之骕、刘子英四人，查封了《自由中国》杂志。“台湾民运动史中的一座灯塔”（柏杨语）被摧毁了。
雷震4人被逮捕的当晚，国民党中央常务委员陶希圣等人宴请各报社负责人，当场散发一本早就印制好的小册子：《自由中国》半月刊违法言论摘要，展开丑化雷震案、未审先定罪的宣传工作。从9月6日起，警备总部政治部主任王超凡在侦讯工作还没有完成甚至还没有正式开始，就公开宣称：“刘子英是匪谍，雷震牵涉在内。”所有的这些动作，都在在显示该案是经过精密设计，而且是早已就定了罪的。
雷震的罪名主要有两项，一是“知匪不报”，即所谓明知刘子英为匪谍而不告密检举；一是“为匪宣传”，即所谓“连续以文字为有利于叛徒之宣传”。前一部份的罪证，纯粹是以刘子英的所谓自白书为凭；后一部份的罪证，纯粹是以《自由中国》三年来所发表的文章为凭。这两项所谓罪证，都是蓄意制造出来的。根据多年后公开的监察院5人专案小组调查报告指出，刘子英的所谓自白书是“迭经补充六次”而成。因此，军事法庭审讯时，不许雷震与刘子英对质，甚至不许雷震的辩护人梁肃戎对刘子英询问。而所谓“连续以文字为有利于叛徒之宣传”，警备总部判决书的论断是：“《自由中国》妄指政府‘反攻大陆’为自欺欺人、自误误人之词，故意散布悲观论调，打击反共意志”。
10月8日，当局以“知匪不报”、“为匪宣传”两项罪名判处雷震有期徒刑10年，刘子英徒刑12年，马之骕徒刑5年，傅正感化教育3年。10月8日宣判当天，蒋介石明确指示雷震的“刑期不得少于十年”，“覆判不能变更初审判决”。他们不服这项判决，提出上诉。11月17日，国防部覆判庭作初终审判决，除马之驌改为交付感化3年外，其余三人都维持原判。傅正被移送感化，但在感训期满时，又被以“拒不接受教育”为由，继续感化三年。雷震在写给儿女的信中，劝告他们不要为自己难过，并写下了一句振聋发聩的话：“我是缔造中国历史的人，我自信方向对而工作努力，历史当会给我做证明！”
雷震案发生时，殷海光、夏道平、宋文明共登启示，声明如果是因为写文章导致雷震被捕，那么这些文章我们也写过，我们在外面，所以雷必须释放。左舜生因此曾批评蒋介石“不失为东方一个硕果仅存的标准独裁者，同时也通明透亮表示了他对民主丝毫不能理解，丝毫不感兴趣，不惜以走极端的态度，甘冒天下之大不韪，同国内外一切主持公道与正直人士挑战。”
1960年9月4日，在美国的胡适向时任行政院院长陈诚发出电文反对逮捕。胡适返台后找蒋中正求情，蒋中正不予理睬。1961年6月25日，雷震的64岁生日，胡适想念狱中的雷震，手书南宋诗人杨万里的《桂源铺》托人馈赠：“万山不许一溪奔，拦得溪声日夜喧。到得前头山脚尽，堂堂溪水出前村。”民主自由的“溪声”虽被国民党的“万山”所阻，但是，到头来终归要涌至“山脚尽”，从而“出前村”而进入宽广博大的海洋。但是，在蒋介石的威权统治下，胡适也不便前往监狱探望雷震。
1961年11月6日，在台湾举行的“亚东区科学教育会议”上，胡适说：我们东方这些老文明中没有多少精神成分。一个文明容忍像妇人缠足那样惨无人道的习惯到一千多年之久，而差不多没有一声抗议，还有什么精神文明可说？一个文明容忍“种姓制度”(thecastecystem)到几千年之久，还有多大精神可说？一个文明把人生看作苦痛而不值得过，把贫穷和行乞看作美德，又有什么精神价值可说？……现在正是我们东方人应当开始承认那些老文明很少精神价值或完全没有精神价值的时候了。这是在暗中讽刺蒋介石对自家文化夜郎自大。
曾热心支援雷震筹组反对党的云林县议员苏东启于云林县议会提议：要求蒋介石释放雷震并获得议会所有医院通过，而成为国民党眼中钉。1961年苏东启因计划以武力号召台湾独立而遭警总军法处判处死刑；1975年苏东启因蒋中正逝世的特赦出狱。
1970年9月4日十年徒刑期满出狱。出狱前，雷震曾自写春联贴在牢门前：“十年岁月等闲度，一生事业尽销磨”，横联是“所幸健存”。雷震出狱的时候，在狱中所写的四百万字回忆录，遭军监强行没收。1988年，其遗孀宋英向监察院提案重新调查雷震案，在监院准备调查的同时，新店军监却将回忆录悉数焚毁，监察院对此提出弹劾，宋英曾向国防部要求国家赔偿，却皆遭到国防部的驳回。身为律师的“党外”律师陈水扁、谢长廷、周弘宪等也为雷震案件的赔偿诉讼做过许多努力。
雷震出狱后被监视居住，许多志士与他有密切联络。雷震1971年12月撰写《救亡图存献议》，提出十大建议，希望政府速谋政治、军事改革，以民主化方式应付危局，并要求将国号改为“中华台湾民主国”（Chinese Republic of Taiwan），文章送达高层，没回应。此后，他继续关心政治发展，并重建了《回忆录》内容写出《新党运动黑皮书》，将手稿秘密给予陈菊送往海外，终由远流出版社在2003年出版。
1979年3月7日雷震病逝，享年83岁。他甚至让监视他的情治人员以死后能与他的墓相临为愿。曾任《自由中国》的文艺编辑聂华苓女士在若干年后回忆起《自由中国》的同仁时说：“包括雷先生在内的一些人，都是大陆以外最好的中国头脑，他们那种不畏强权敢作敢为的风骨，对我的影响很大。我觉得作为中国人，或者说，作为一个人都应当是这样的……”
2002年9月4日政府为“雷震案”平反，雷震再次成为热点，这时距雷震去世已23年了。经过身在海外雷震后人的努力，2006年3月7日，公益信托雷震民主人权基金成立。2007年7月8日，中华民国国史馆举行启用雷震网页发表会，及“雷震与宪政体制座谈会”。2007年9月2日，国史馆举办“雷震与国策”座谈会暨“雷震案史料汇编”电子书发表会。2007年12月9日，国史馆举办“雷震与自由人权”座谈会暨颁赠雷震基金奖学金。2012年3月7日，“雷震纪念馆”暨雷震研究中心在国立政治大学社会科学资料中心正式揭幕，马英九出席并鞠躬致敬。
比较雷震同时代的大陆知识分子，我们可以看到：去台湾的胡适、雷震、殷海光等，他们不仅保全了个体的生命，而且持守了人生的理想，填补了中国思想文化的时代空白，捍卫着汉语世界的学人尊严。而大陆却是全民齐诵“最高指示”。顾准的思想只是保留在日记中，没对他所在时代发生任何影响，顾死后若干年才出版他的文集。他的思想还只是启蒙性质，与雷震殷海光直接批评当政者，相差太远。大陆与台湾的差距是蒙眼驴与自自人的差距。
