汉代，新疆地区的古代民族主要有塞、月氏 (音:肉支rouzhi)、乌孙、羌、匈奴和汉人。
塞人，在西方史籍中被称为“萨迦”，原游牧于甘肃西部的敦煌一带，汉文史籍称其为“允戎”，因被月氏人排挤而西迁。至战国时期，塞人主要活动于北疆西部和西北部以及伊犁河流域、帕米尔地区。1976年，考古工作者在阿拉沟东口发掘了一批塞人的墓葬，发现了小铁刀、三棱形铁镞等，还有随葬的羊、牛、马骨，说明在战国时期，塞人已经使用铁器，仍过着以游牧为主的经济生活。在伊犁尼勒克奴拉赛山，考古工作者发现了一处距今2400多年的铜矿采掘、冶炼遗址。矿洞、坑道都用松木支架，深达数十米。在离矿坑不远的山沟内，发现有供冶炼用的木炭、铜锭。说明塞人在找矿、采掘、冶炼各个方面都已经有了比较成熟的经验，达到了相当高的工艺水平。考古工作者在塔什库尔干香宝宝发掘的塞人的墓葬中，发现有殉葬的奴隶。说明在战国时期，塞人已进入了奴隶社会发展阶段。
大约在公元前2世纪初期，居住在河西地区的月氏人由于受到匈奴的攻击，西迁至伊犁河流域，而将塞人驱逐出该地。塞人南迁葱岭(今帕米尔高原)。
月氏人，战国时期活动于包括河西走廊在内的甘肃西部到塔里木盆地的广大地区。秦汉之际最为强盛，常常轻视匈奴。匈奴著名单于冒顿为太子时，就曾作为人质扣押在月氏。月氏还攻击过乌孙，杀其王难兜靡，占据祁连山北麓。公元前177年，匈奴攻破月氏，迫使大部分月氏人西迁至伊犁河流域，逐走那里的塞人而居其地。后匈奴联合乌孙再次攻击月氏，并击杀月氏王。月氏人再迁至大夏(今阿姆河上游地区)，并逐渐控制了大夏的土地，才安定下来。
乌孙，最初活动于河西走廊，是月氏旁边的小国。约在秦末汉初，乌孙受月氏人的攻击，其王难兜靡被杀，部众逃往匈奴。当时，乌孙王难兜靡之子尚在襁褓中，也被匈奴单于所收养。乌孙王子长大后，率所属部众为匈奴守边。公元前 161年，他在匈奴的支持下，率乌孙向西迁徙，追袭大月氏，以报杀父之仇。结果，月氏溃败，被迫南迁，乌孙遂占有伊犁河流域。
羌族，是我国古老的民族之一，是形成中华民族的重要远族。传说中炎帝也是羌族的祖先。后来羌族的一部分向东迁徙，较早地融人了华夏族；一部分留在原地或向今甘肃、青海、西藏等省、自治区迁徙。战国时期，秦国的势力不断向西发展，迫使一部分羌族部落由河湟一带经阿尔金山口进入塔里木盆地南缘。
羌族人在新疆的活动已被考古资料所证实。学术界都认为，正是由于羌族人曾在新疆活动过，才留下了“若羌”这个地名。考古工作者在沙雅县还发现了“汉归义羌长印”，说明直至汉代，羌族人仍是新疆地区一支举足轻重的力量。
匈奴，是我国历史上北方一个重要的古老的民族。它兴起于战国时期，强胜于秦末汉初。匈奴是一个游牧民族，畜牧业在其社会生活中占有主要地位，畜群既是他们的生产资料，又是他们的生活资料。匈奴人饲养的牲畜主要有马、牛、骆驼、驴等。
公元前209年，头曼单于的儿子冒顿射杀其父，自立为单于。从此，单于的世袭制度便在匈奴社会中确立下来。
冒顿单于(音:末独蝉于)继位后，逐渐强盛，曾战败过汉高祖刘邦。汉朝采用“和亲”方式与匈奴修好。公元前177年(汉文帝前元三年)，匈奴右贤王入侵河套，被汉朝击败。右贤王逃出长城，随即被冒顿单于派往西域征伐月氏。月氏被迫西迁，经过焉耆以西的开都河谷，逃到伊犁河流域，击败了塞人，在那一带建立了政权。塞人大部分向西南帕米尔高原及厨宾 (位于今克什米尔一带。厨:音计ji)迁徙，在ji宾建立了新的政权，一部分仍留居伊犁。匈奴击败月氏后，分兵征服了龟兹、鄯善、车师、疏勒、于阗等三十六国。冒顿单于将乌孙王昆莫西迁到新疆东部天山以北的蒲类海(今巴里坤湖)周围，乌孙原来游牧之地分封给了浑邪王、休屠王。
公元前174年(汉文帝前元六年)，冒顿致书汉朝，称已消灭了月氏，西域各地如楼兰、乌孙、呼揭等已经归属匈奴。汉文帝回信，指责匈奴违背和约，破坏了兄弟之情。匈奴征服西域后，将其置于右贤王属地，后来又派遣日逐王统辖西域。日逐王设立“僮仆都尉”，驻守焉耆、危须、尉犁等地。从“僮仆都尉”一词看，匈奴实际上将西域各族人民均视为自己的奴隶。西域各地人民不但要向匈奴缴纳繁重的赋税，而且还要承担匈奴使者的费用。另外，匈奴单于也强迫西域各地的统治者将其子女送往匈奴充当人质。有时也采用“和亲”方式，将公主或亲族的女子嫁给一些国王为妻，见于历史记载的就有乌孙、车师、鄯善、焉耆等地的统治者娶过匈奴公主。
公元前60年，匈奴统治集团发生分裂，管理匈奴西部的日逐王先贤掸率众归属汉朝。于是，汉宣帝任命郑吉为都护，设立西域都护府，治乌垒城(位于今轮台县东策大雅地区)，辖西域诸国。自此，新疆就正式列入了汉朝的版图，成为中国领土的一部分。但是，匈奴势力在西域仍有一定影响。西汉末东汉初，匈奴一度卷土重来。直至公元l世纪末2世纪初，北匈奴西迁欧洲，南匈奴内迁，逐渐与汉族和其他少数民族相融合。匈奴西迁以后，一些归附匈奴的属部独立了，一些不愿意西迁的匈奴人自成一体，另立名称，后来出现了名目繁多的匈奴化部落。
汉代，新疆的汉人主要是戍边官吏、屯田士卒、商人、普通百姓及部分刑徒、家属等。他们肩负着管理和稳定新疆的重任，有相当一部分人在西域都护府等军政机关以及地方各部门任职。
自公元前101年起，汉朝就在轮台、尉犁屯田，后来扩大到全疆各地。所以，各屯田点就成了汉人进入新疆后最初的分布区域。汉朝统一西域后，东西交通畅通，加之汉朝中央政府对戍边人员的一系列优惠政策的实施，来新疆的汉人日益增多。至汉代末年，汉人已经形成遍布新疆各地的大分散和各屯田点小集中的格局。
汉代，塔里木盆地周围以及天山山谷等地带分布着许多小国，人口多者有八万人，少者仅一二千人，史称“西域三十六国”。因三十六国多以城郭为中心，故又称“城郭诸国”。他们的大概分布是:塔里木盆地南缘有楼兰(后改为鄯善)、且末、精绝、风弥、于阗、莎车、皮山等国。塔里木盆地北缘有疏勒、姑墨、乌垒、龟兹(音:秋词qiuci)、焉耆、尉犁以及车师等。此外，在天山北麓还有东、西蒲类，东、西且弥等；在帕米尔高原北部则有休循、捐毒等；在昆仑山、喀喇昆仑山北麓还有若羌、西夜、子合等。以民族分类，这些国家应该分别是由塞人、羌人或月氏人建立的。魏晋南北朝时期新疆的民族变迁
魏晋南北朝时期，活跃在西域的古代民族除了原住民族外，还出现了鲜卑、柔然、高车、峻哒 (音:厌搭yanda)、悦般、吐谷浑(谷，音:玉yu)等。
东汉末年，西域诸国更相攻灭，不断兼并，出现了几大地方政权并立的局面。大体情况是:若羌、且末、小宛、精绝等地并属于鄯善；戎卢、风弥、渠勒、皮山等地并属于于阗；尉犁、危须、山国并属于焉耆；姑墨、温宿、尉头、乌垒并属于龟兹；桢中、莎车、竭石、渠沙、西夜、依耐、蒲犁、亿若、榆令、捐毒、琴、休循并属于疏勒。吐鲁番为车师前部；东部天山以北的东且弥、西且弥、卑陆、蒲类、乌贪等地并属于车师后部。焉耆以西至伊犁河源为悦般。伊犁河流域及准噶尔盆地西部为乌孙；阿尔泰山西南部及蒲类海周围为鲜卑右部。
公元220年，魏、蜀、吴三国鼎立的局面形成。公元223年，曹魏在高昌壁(位于今吐鲁番高昌故城)重新设戊己校尉，在鄯善海头(位于今罗布泊西北)设西域长史，开展屯田，使中西道路畅通，西域各地使者和大批商人到中原进贡和贸易。许多中亚粟特商人在塔里木盆地和河西走廊建立了许多类似村落的据点，从而使西域的人种和民族构成产生了变化。从公元3—5世纪活跃在鄯善的古代民族成分的构成，可以看到塔里木盆地西域古代民族成分的缩影。当时，鄯善位于塔里木盆地东缘。
晋朝时，鄯善已是以农业生产为主的地区。晋朝在海头设置西域长史府，在鄯善的尼壤城 (位于今和田尼雅故城)设置都尉府和司禾府，册封鄯善的统治者为“晋守侍中、大都尉、奉晋大侯、亲晋王”。内地有不少农民迁居鄯善，与当地民族共同生产、生活。鄯善与晋朝往来密切，汉族将士、平民和商人留居者日益增多，境内通行汉文。其次，在大月氏贵霜王朝的影响下，鄯善也存在着浓厚的西方文化色彩，如官方通行（马+呙）卢文。从鄯善发现的木板画像、泥塑佛像、棉织物上的人像及（马+呙）卢文中的人名来看，鄯善有皮肤白晰、蓝眼高鼻的欧洲人，有黑发、黑须、高鼻的波斯人，有高鼻、深目、多须的粟特人，有脸如满月、皮肤略黑、身段丰满的北印度人。自然，占多数的仍旧是羌族，即脸形近似汉族的鄯善土著。
于阗、疏勒、龟兹、焉耆等地的人种、民族的语言，虽然与鄯善略有差异，但是，它们的生产方式相同，都处于封建社会前期的发展阶段，而且由于长期的频繁交往，共同信仰佛教，连生活方式和风俗习惯都是非常接近的。
鲜卑、柔然、峻哒、悦般、高车、吐谷浑等古代民族在西域的活动，为新疆古代民族增添了新成员。
公元3世纪末4世纪初，鲜卑拓跋部由辽西不断向西、向南迁徙，公元386年，拓跋圭创建北魏王朝。公元439年，北魏攻灭北凉，占据河西，进取伊吾，西域各地纷纷归附北魏。公元445年以后，北魏击鄯善，破焉耆，先后设立了鄯善镇、焉耆镇。
公元4世纪末5世纪初，在蒙古草原兴起了一个自称“柔然”的民族，并建立了一个像匈奴那样的强大的政权。
柔然是由东胡的后裔，主要由鲜卑和匈奴融合后而形成的一个新的民族。社仑为鲜卑首领时，北征高车，并将其收为属部。迁龙庭(首都)至弱洛水(今蒙古高原色楞格河)边，称丘豆伐可汗。柔然强大时，东征朝鲜，西侵鲜卑右部，后又与北匈奴的余部悦般联合，多次西击乌孙，乌孙难以抵敌，退往葱岭(帕米尔高原)西南。柔然继续西征疏勒、龟兹，大举进攻于阗。
峻哒原称滑(音:骨gu)，有人认为是秦汉时期的姑师、两汉时期的车师后部。鲜卑西侵时，从属鲜卑。柔然强盛时，被迫向西南迁徙。公元4—5世纪，峻哒进入中亚粟特人居住区，征服了粟特人。又进攻大月氏，占领贵霜王朝的中心区 (阿姆河流域)，建立了强大的政权。因王族姓峻哒，因此，称其族其国为峻哒，也被西方人称为白匈奴。公元5世纪后期，峻哒东侵葱岭各地及疏勒、于阗、龟兹、焉耆，西侵波斯，在西域称强。 悦般是没有西迁的北匈奴人建立的政权。公元1世纪末北匈奴西迁时，一些老弱留居裕勒都斯草原，逐渐建立起悦般国。柔然强盛时，悦般与之结盟进攻乌孙，迫使乌孙迁往葱岭西南，悦般占据乌孙领地。后柔然与悦般互相征战，悦般又联合北魏进攻柔然高车，是北朝人对漠北一部分游牧部落的泛称，因其“车轮高大，辐数至多”而得名。南朝人称其为“丁零”，漠北人又称其为“敕勒”(敕，音:赤chi)。据研究，高车、丁零、敕勒，以及先秦时期的狄历和后来的铁勒，都是人们在不同历史时期对操突厥语族语言的民族的统称。公元4世纪，高车游牧于贝加尔湖及鄂尔浑河、土拉河一带。高车由六大部落组成:狄氏．袁纥氏(纥，音:和 he)、斛律氏(斛，音:胡hu)、解批氏、护骨氏、异奇斤氏。柔然强盛时高车成为柔然属部，不但向柔然缴纳贡赋，而且还要参与柔然发动的掠夺性战争。公元487年，柔然可汗豆仑征高车兵进攻北魏，高车部首领阿伏至罗劝阻，豆仑不听，阿伏至罗遂率十万户高车人西迁，至今乌鲁木齐周围游牧。阿伏至罗称“侯罗訇勒”，意为大王。后南征焉耆、鄯善、龟兹、于阗，与峻哒发生激烈冲突。后双方以龟兹为界，龟兹东北归高车，西南依附峻哒。公元490年，阿伏至罗遣使北魏，向北魏陈述了西迁并建立高车国的原因，表示愿意与北魏联合，共同抗击柔然。高车国在西域存在了50余年，于公元541年终为柔然所灭。高车副伏罗部西迁，并在西域建立政权，作为历史上操突厥语族语言的民族较早地进入新疆，并产生较大影响的重要事件而载人史册。
吐谷浑，源于鲜卑。吐谷浑原为人名，姓慕容氏。公元4世纪初，从辽东鲜卑中分离出来，西迁至今甘肃临夏西北，不久又向南、向西发展，逐渐控制了今甘南、四川西北部和青海等地的氐、羌等民族。到吐谷浑的孙子叶延为首领时，建立政权。鼎盛时，势力扩张至今四川西部和新疆东部。公元445年，吐谷浑内乱，首领慕利延被北魏打败西逃，经过鄯善、且末，进攻于阗，直至厨宾。后慕利延回青海。鄯善和且末成为吐谷浑的领地，大批吐谷浑人迁居罗布泊周围。 魏晋南北朝时期，中原战乱频仍，不少汉人迁往河西，有的又从河西辗转到新疆。他们和汉代的屯田士卒的后裔汇集在今吐鲁番地区，并使该地区成为这一历史时期汉人在新疆聚居比较集中的地区。高昌壁也发展成为西域的大城市，其周围地区还建立了许多汉族聚居的卫星城镇。公元327年，前凉王张骏取消了戊己校尉建制，设立高昌郡，下设田地县(即柳中城)、横截县、高宁县(均在今鄯善县境)。县以下为乡、里。郡有郡守，县有县令，乡有啬夫。前凉政权在高昌地区设立郡、县、乡三级政府，第一次将郡县制度推行到了新疆地区，具有深远的历史意义。
公元460年，柔然立阚伯周为高昌王。公元 491年，高车又立敦煌人张孟明为高昌王。不久，张孟明被高昌人杀死，马儒被立为王。马儒投北魏，要求居民迁入内地。高昌人又杀马儒，拥立嘹嘉(嘹，音:区qu)为王，才把局势稳定下来。嘹氏政权共传9代，保持140年的统治，故史称“高昌嘹氏王国”。高昌嘹氏王国是汉人在新疆地区建立的第一个地方政权。
公兀5～6世纪，西域古代各民族相互角逐，出现了民族大融合的局面。
公元435年，柔然击败高车。鄯善原来臣属北魏，后来转归柔然。公元448年，北魏派大将万度归西征，鄯善又归附北魏，北魏设鄯善镇，驻兵戍守。公元450年，车师、焉耆归附北魏。北魏设焉耆镇。北凉进攻车师前部，车师先受北凉统治，后归高昌堕乒王国。公元470年，柔然大举进攻西域，北魏在西域的设置均被柔然废止。北魏与吐谷浑联合，吐谷浑人迁居鄯善(今新疆罗布泊周围)。鄯善人一部分迁居青海，一部分”经焉耆迁居高昌(撩氏王国的东部，他们将地名也带到这里，这就是今日的鄯善为何在吐鲁番盆地东部的原因。还有一部分迁居伊吾(今哈密市)以西，建城称大罗布城，汉人译成“职纳城”。
这一时期，西域各种势力急剧变化。先是北魏联络高车、悦般，对付吐谷浑、柔然和哒。后来峻哒与高车友好，和柔然通婚，向北魏朝贡，与吐谷浑和睦相处。北魏与柔然争夺西域。公元6世纪，柔然对高车屡战屡败，北魏在西域占据上风，北魏已成为西域的主宰。
汉朝时，大宛(今乌兹别克斯坦塔什干)以东各地人种和语言近似于汉人，大宛以西则为深目、高鼻、多须的胡人。到魏晋南北朝时期，则以高昌为界，以西各地居民多为深目、高鼻、多须的胡人，以东则为汉人、羌人、鲜卑人和吐谷浑人。有些粟特人已成为塔里木盆地一些地区的统治者。例如介于鄯善与于阗之间的白题，国王姓支，是粟特九姓的月氏人；末国的国王姓安，也是粟特九姓的安国人；周古柯(即莎车)的统治者也是粟特人的相貌。
由于各种势力复杂多变，促使天山以北和塔里木盆地东部地区各民族大融合。匈奴、鲜卑、高车、哒等各民族主要成分基本融合于铁勒之中。这种历史的演变为以后突厥汗国的出现创造了条件。隋唐时期
中国历史年代:
隋(581—618)
唐(618—907)
前突厥（552——657）
东突厥（公元583—630）
西突厥（公元583—657）
后突厥（公元682—745）
回鹘（745—840）
黠嘎斯（840---920）
葛逻禄（840—1211）
西域大国历史年代:
白衣大食（倭马亚朝661—750）
黑衣大食（阿拔斯朝750—1055为塞尔柱突厥帝国夺权取代）
阿拉伯帝国征服中亚（705—715），874年统治在中亚解体。
塔黑尔（820—872）
喀喇汗（843—1212）
萨曼王朝（874—999）
中亚地区:
公元6世纪中期,在厌哒逐渐衰弱的同时,突厥在中国西北部崛起,552年灭柔然,557年灭厌哒,中亚领土被西突厥和波斯瓜分,双方以阿姆河为界。
西突厥在与波期争夺丝路的战争中,夺取了分给波斯的厌哒国西部领土,巴克特利亚归于突厥帝国,突厥的兴起及其活动引起欧亚草原的民族迁移。564年前后,一部分人柔然人西迁到欧洲俄罗斯南部,与东罗马帝国结盟,击溃了东哥特人,占据匈牙利,成为东欧强国。
隋朝建立初期,突厥分裂,隋唐王朝先后统一西域,中亚粟特诸国和吐火罗主动降唐,唐朝与阿拉伯帝国以阿姆河为界统有中亚。随着大食的扩张征服，大批阿拉伯人迁来中亚。
公元8世纪后半期到9世纪前期，既是阿拉伯统治走向解体的时期，也是唐朝中衰没落的时期。自751年怛逻斯战役唐军大败后不久，755年又发生了安史之乱。唐朝为了平乱，将驻扎在安西等地的军队调往内地，同时也征调了回鹘兵、拔汗那兵，以及中亚各地柘羯军和阿拉伯兵帮助平乱。唐朝在西北边疆的防卫力量空虚，吐蕃乘机而入，数年间，西北数十洲相继陷没，唐朝与中亚的联系完全隔绝了。760年后，唐朝势力退出中亚。同中亚直接发生关系较多的是吐蕃河西域地方政权。总的来说，8世纪中叶在中亚的三大势力---------阿拉伯、唐朝、吐蕃的争斗中，最后阿拉伯占了优势。
749年，倭马亚朝灭亡，阿拔斯朝取而代之。此后，阿拉伯帝国随着各地的反抗开始走向解体。不但北非、西班牙、中近东分裂出去，而且在呼罗珊和中亚以及伊朗本土，也随着本地民族实力的增强，终于导致各地独立的伊斯兰王朝相继出现。阿拔斯朝镇压了河中地区的拉飞起义[806---809]后，东方各省的起义仍然是穷于应付，哈里发被迫于公元820年将呼罗珊的管治权交给塔希尔，自此，阿姆河以外的中亚地区遂处于塔黑尔政权统治之下。在其后不到半个世纪的时间里，中亚就脱离了哈里发的统治。伊朗和中亚各族争取民族复兴的斗争终于取得了胜利。
从715年屈底波最后征服中亚的大部分地区起算，到1055年塞尔柱突厥人夺取阿拉伯哈里发的实权，建立塞尔柱帝国止，阿拉伯人统治中亚已有340年，其后中亚各地新兴的政权依然是伊斯兰王朝。
新疆地区:
突厥文字的广泛分布使用促进突厥族及其部族的同化,东突厥内乱(716)引起大批东突厥部族西迁定居西域,西突厥灭亡后,活跃于中亚和新疆地区的突厥人是突骑施,葛逻禄、回鹘、样磨等。
因隋、唐王朝统一西域,大批汉族军民西迁西域定居,伊、西、庭三州为汉族聚居地,“安西四镇”汉军屯兵也数量可观。善长经商的粟特人东迁塔里木绿洲,“安史之乱”后吐藩人接管西域,并代唐朝承担了抗击大食和伊斯兰文明东进的历史任务。
8世纪60年代,突骑施汗国四分五裂,急剧衰落,葛逻禄部西迁西突厥故地,统治七河流域,锡尔河下游。塔里木盆地北缘[阿克苏、龟兹一带]也有葛逻禄的部族存在。还有一部分葛逻禄人居于阿姆河以南的吐火罗地区。此后，葛逻禄东支受迫于回鹘，葛逻禄西支处于阿拉伯帝国东侵的前沿，成为阿拉伯帝国东侵的缓冲带。有学者认为，在突厥诸部中，葛逻禄部最先皈依伊斯兰教，其部众直到元代仍活动与巴尔喀什湖附近。
八世纪七十年代，葛逻禄汗国建立后，将原来游牧于中亚北部草原的九姓乌护部族驱散，中亚一带的异姓突厥部落[九姓乌护]向咸海、乌拉尔山、伏尔加河一带迁移。九姓乌护的一支塞尔柱部落西迁到里海至咸海一带，11世纪初又南迁到锡尔河下游地带，1055年建立起强大的塞尔柱帝国彻底终结了阿拉伯帝国的统治。另一部分九姓乌护部落西迁到欧洲，在南俄罗斯草原称霸一时。
840年回鹘汗国灭亡。回鹘分三支西迁西域和中亚，843年，西迁回鹘分别在西域建立“高昌回鹘”、“西州回鹘”、“葱岭回鹘”三个国家，彻底结束了吐藩在西域的统治,加速了西域全部突厥化、回鹘化的历史进程。印欧语系语言逐渐衰落,伊斯兰文明自始东渐。回鹘西迁后由游牧民族改为定居,加入新疆诸定居民族的行列。
隋唐时期西域主要有以下民族:
粟特人 [康居人，昭武九姓]
柔然人 [亦称蠕蠕、芮芮、茹茹、蝚蠕等等]
突厥人 [又称蓝突厥；阿史那姓之部族]
异姓突厥人 [又称作黑突厥；即降属突厥的九姓铁勒各部族]
阿拉伯人 [又称大食]
吐藩人 [藏族先祖]
昭武九姓
汉人
回鹘人 [汉代丁零人；现代维吾尔人先祖]
黠戛斯 [汉代坚昆；现代吉尔吉斯人先祖]
昭武九姓等中亚城邦诸国:
昭武九姓是中国南北朝、隋、唐时期对中亚西部10多个小国的总称。其王均以昭武为姓。昭武一词的语源，尚无定论。根据《隋书》，昭武九姓本是月氏人，旧居祁连山北昭武城（今甘肃临泽），因被匈奴所破，西逾葱岭，支庶各分王，以昭武为姓。其支庶分王中亚各地，为康﹑安﹑曹﹑石﹑米﹑何﹑火寻﹑戊地﹑史，世称九姓，亦称昭武九姓国。[见《新唐书．西域传下．康》]。其中安国分为东西两国，曹国又分为东、西、中三国。康国又名飒秣建国；在今乌兹别克斯坦撒马尔罕一带。为中亚最大城邦，是昭武九姓的中心。
安国 东安国名喝捍，在泽拉夫善河之南，属布哈拉地区。中安国名捕喝，在布哈拉一带。西安国为戊地国别称。与东安国同属于安国附属国，故名。
曹国又名劫布旦那；在今萨马尔罕北部和东北一带。一度属康国管辖。
石国又名“者舌”、“赭时国”；在今乌兹别克斯坦国首都塔什干。
米国又名弭秣贺；在撒马尔罕以南七公里。
何国又名屈霜你迦；故址在今撒马尔罕西北方。
伐地又作西安国；在布哈拉西方，与东安中安同为安国附属国。
火寻又名货利习弥伽；即花刺子模。
史国又名羯霜那国；北距米国200里，南距吐火罗国400里，唐朝曾在此设立法沙州，隶属康居都督府。
其他中亚城邦诸国:
勃律 分大勃律与小勃律。大勃律在今克什米尔巴尔提斯坦；小勃律在今克什米尔吉尔吉特。唐开元年间，先后册封大、小勃律各两代之王。开元初，小勃律入朝，唐以其地为绥远。天宝六年[747 ]，安西副都护高仙芝至小勃律。倘该其名为归仁，并置归仁军。
笯赤建国今塔什干地区之汗阿巴德。西邻赭时国（石国）。
沛捍国又称破洛那、跋汗那。汉代大宛，唐时称拔汗那。在今乌兹别克斯坦费尔干纳盆地。
窣堵利瑟那国又名东曹、苏对沙那或乌什鲁沙那，今为塔吉克斯坦和撒马尔罕之间的乌拉尤提尤别。唐时改国名宁远。
活国 又名吐火罗，为大夏故地。即巴克特利亚希腊王国，都城在今阿富汗东北的昆都士，地处阿姆河南岸。
伽色尼国在今喀布尔西南，有的以为即漕国[漕矩佗]。而《北史。西域传》则说，漕国的国王姓昭武，为康国王之宗族。
小月氏国 其王位大月氏王寄多罗之子。国都在今巴基斯坦白沙瓦。中国史料说他们本居于西平[西宁]、张掖之间，“被服颇与羌同”。寄多罗为厌哒所逐，西迁后，与公元420—438年之间在中亚立国。史称“寄多罗南侵北天竺”，“役属乾陀罗以北五国”。可能在寄多罗迁至巴里黑不久，厌哒人旧跟踪而至，故而他们不得不放弃巴克特里亚，走保兴都库斯山以南之地，称为小月氏国。
《大唐西域记》中记载的国家和地名:
阿耆尼国 (焉耆)；
屈支国 (库车)；
跋禄迦国 (阿克苏)；
劫盘陀国 （汉代蒲犁国，南北朝时称渴祗陀又作诃盘国，今为新疆塔什库尔干）；
乌铩国 （故地为今新疆英吉沙县）；
佉沙国 （疏勒国，两汉至宋代均称疏勒国，今地为新疆喀什地区）；
斫句迦国（叶城，汉代为子合国，《魏书》为悉居半国，朱居国，朱俱槃国，沮渠国《宋云行记》朱驹波）；
瞿萨旦那国[汉代于阗国，今和田市]；折摩驮那国 [且末]；
纳缚波故国[即汉代楼兰国]；
尼壤城 [汉代精绝国遗址]；
凌山 [指今阿克苏乌什县与吉尔吉斯坦国边界的别迭里山口；汉文史料称“拔达岭”]；
素叶水城 [指唐代的碎叶城，为唐代安西四镇之一，在今吉尔吉斯坦国北部托克马克附近]；
怛逻斯城 [在今哈萨克斯坦国塔拉兹，原名江布尔]；
铁门 [中亚古关名，故址在今乌兹别克南部，杰尔宾特西大约13公里，为古代中亚南北交通冲要，左右皆山，地势险要，为史国和吐火罗之间的分界]。
千泉 [又名屏聿，故地在今吉尔吉斯坦国北部吉尔吉斯山脉北麓，库腊加特河上游一带，当东西交通冲要，又有林泉之胜，公元前七世纪前期为西突厥可汗避暑胜地。西突厥统叶护可汗曾在这里盛筵接待大唐高僧玄奘，以及唐朝和高昌国派来的使臣。]
从715年屈底波最后征服中亚的大部分地区起算，到1055年塞尔柱突厥人夺取阿拉伯哈里发的实权，建立塞尔柱帝国止，阿拉伯人统治中亚已有340年，其后中亚各地新兴的政权依然是伊斯兰王朝。五代宋辽金西辽时期
中国历史年代:
五代十国（907—960）
北宋（960-1127）
辽（960—1115）
南宋（1127—1279）
金（1115—1234）
西辽（1132—1218）
西域大国历史年代:
萨曼王朝（874—999）
迦色尼王朝（962—1186）
哥疾宁（977—1187）
花刺子模（995—1221）
塞尔柱（1055—1195）
郭尔王朝（1184— ）
中亚地区: 公元9世纪，阿拉伯帝国分崩离折，逐渐解体，中亚地区相继产生了塔黑尔、萨曼和伽色尼、喀拉汗四个王朝，10世纪后又产生花剌子模、哥疾宁、塞尔柱等突厥人主宰的王朝，形成了伊斯兰文化的繁荣。中亚的突厥化就是在这些王朝时期完成的。在中亚突厥化的基础上，原来穆斯林用来称呼中亚北面和东北面草原游牧区的“突厥斯坦”这一地名的内涵，才扩大到中亚河中地区。自从中亚被阿拉伯征服后，东方文化逐渐被淡化。中亚的穆斯林对自己远古的历史一无所知，也由于对西方穆斯林世界的认同、被融合，中亚的伊期兰王朝不但与欧洲的基督教国家为敌，也仇视东方的异教文化，甚至对不信仰伊斯兰教的突厥人也采取敌视态度。
公元12世纪中叶，辽朝皇族耶律大石在辽朝灭亡后率部西迁，建立西辽王朝。西辽经过10年征战，征服了高昌回鹘、东、西喀拉汗朝、花刺子模诸国及康里、葛逻禄、乃蛮各部族，重新统一了新疆，中亚地区形势为之一变，汉文化再次辉煌西域，出现了伊斯兰教、佛教、景教、摩尼教在中亚并存的局面。
新疆地区: 唐亡之后，中国历史进入五代十国纷扰割据时期。此时的西域也出现了一些互不统属的地方政权。他们之间因为土地、宗教等因素不断进行着争斗。 9世纪初叶前后，西域呈现出一派诸强纷争的混乱局面，天山南北原城邦各国，各游牧政权重新组合，至9世纪中后期形成为高昌回鹘、喀拉汗朝、于阗国三国鼎立的格局。喀拉汗朝据今新疆西部以及今中亚部分地区；于阗王朝辖昆仑山北路的和田绿洲一带；高昌回鹘辖天山北麓、吐鲁番至焉耆、库车一带。10世纪末，喀喇汗朝与于阗发生争战，于阗战败，遂成为喀喇汗朝的一部分。这些地方政权都和中原保持着联系。无论三国如何争斗，他们的首领都认为自己与中国皇帝是甥舅关系。喀喇汗朝的首领自称为“桃花石汗”，其意思就是“中国的汗”。他们称喀喇汗王朝的地方为“下秦”，是中国的一部分。可见，西域三国之间的种种恩怨，不过是中国这个大家庭大背景下几朵跳跃的火花。而在他们之后，西域这块神秘的土地也依然在平静的诉说着那些令人兴奋的俄神秘。
10--11世纪间，中国内地形成了辽宋对峙的局面。此间，辽王朝曾管辖过天山南北，设置阿萨兰回鹘大王府、高昌大王府、于阗王府、黠嘎斯王府和西突厥王府等地方机构，并册封大王、于越、司徒、节度使、都监、将军等官职。受命任职的有回鹘人、契丹人等。后来宋朝也派人到西域联络，高昌王、于阗王、喀喇汗王都曾遣使向宋朝进贡。
隋唐时期语言各异，人种多样的西域各族居民开始迅速突厥化、回鹘化，并最终基本上完成了这一民族融合过程，以往以佛教为主导的多元文化局面因伊斯兰教的传入被打破，佛教文化已萎缩至天山东部一隅。喀拉汗朝同于阗之间的宗教战争持续了324年之久，最后伊斯兰教在于阗也取代了佛教。回鹘西迁后成为天山南北的主要民族，为维吾尔族发展壮大奠定了基础。伊斯兰文化成为中世纪上一朵盛开的鲜花，喀拉汗朝的文化成就尤其突出，历史悠久的佛教文化和艺术遭到毁灭性打击和破坏，出现了一个长达数百年之久的空白，直到12世纪西辽西迁立国，才废止了宗教排他行为，佛教有所复兴。西域及中亚各地各个民族均被突厥化。西辽之后随迁而来的契丹人和汉人被同化则是蒙元时期。
附表:
回讫汗国（744—840）
安西回鹘（843—870）
高昌回鹘（866—1275）
西回鹘（843—930）
喀拉汗（930—1212）
新福洲回鹘（843—912）
于阗李氏王朝（912—1001）
蒙古汗国元明时期
中国历史年代:
蒙古（1206—1271）
元（1271—1368）
明（1368—1644）
西域大国历史年代:
钦察汗国（1224—1480）1243年拔都西征后再封，分为金帐、白帐、蓝帐三个汗国；1480年莫斯科公国独立，钦察汗国遂告结束。
窝阔台汗国（1224—1310）1229年窝阔台即位蒙古大汗，随后海都发动叛乱，1310年，海都叛乱平定，该领地并入察合台汗国。
察合台汗国（1224—1348）1348年分裂为东西两汗国
西察合台汗国[1348--1370]为跛子帖木儿吞并，遂建立帖木儿汗国
东察合台汗国[1348--1680] 1514年叶尔羌汗国独立建国；1680年为噶尔丹攻灭。
伊儿汗国（1258—1388）成吉思汗孙子，蒙哥汗的弟弟旭烈兀之封地；1388年为帖木儿汗灭。
帖木儿汗国（1388—1500）1500年为昔班尼所灭
乌兹别克汗国[1428---1468]昔班是拔都的弟弟，1350年左右改名“月即别”[乌兹别克族之渊源]；昔班家族王子阿布海尔为乌兹别克汗国创建人，故又称阿布海尔汗国；1468年阿布海尔在与吉尔吉斯---哈萨克人的决战中被杀，三年后[1471]，乌兹别克人被东察合台汗国驱散；留在阿布海尔汗国的游牧人称为乌兹别克人，从阿布海尔汗国分离出去的人称为吉尔吉斯---哈萨克人。
昔班尼汗国（1500—1598）1500年昔班尼灭帖木儿汗国，重建乌兹别克汗国。1598年为布哈拉汗国灭。
哈克萨克汗国（1456—1723--1755]1456年从乌兹别克汗国中分离东迁到七河、楚河、塔拉斯河诸河流域建国；创建人为白帐汗国末代汗王之子克烈汗和扎尼别可汗二人；1723年遭受准噶尔人的大劫难；俄国又乘机而入，吞并其各部，汗国衰亡；1755年后陆续臣属清朝。
俄罗斯独立（1480）
俄罗斯吞并白帐汗国[1552]
俄罗斯吞并蓝帐汗国[1556]
叶儿羌汗国（1514—1680）创始人为东察合台汗王后裔赛依德；1680年为蒙古准噶尔部攻灭。
准噶尔汗国（1640—1759）清代西蒙古卫拉特四部联盟之一；十七世纪前40年是卫拉特四部定居的时期；也是准噶尔部排挤兼并其它三部崛起强大的时期；巴图尔洪台吉时期，外抗沙俄、内并卫拉特各部，逐渐强大；到巴图尔洪台吉第七子噶尔丹即位后，兼并邻近部落、进军天山南部，吞并青海、西藏、勾结、借力沙俄征服漠北东蒙古，兵临北京700里地；噶尔丹时期汗国空前强盛，不仅吞并叶尔羌汗国，蹂躏哈萨克汗国，占据哈萨克斯坦广大地区，并试图重续成吉思汗的史诗，对清朝威胁甚重；从康熙帝到乾隆帝，平叛艰苦卓绝，长达半个多世纪，直到1759年，清朝才彻底平定该部叛乱。
中亚地区:西辽末世政治日趋黑暗，国力逐渐衰弱，花刺子模获得独立后征服中亚和伊朗的大部分领土、塞尔柱帝国完全解体，中亚的霸主为西辽和花刺子模。如日中天的蒙古汗国进军中亚，先后攻灭西辽和花刺子模，此后中亚进入蒙古人统治的时代。进入元朝以后，察合台汗国分裂为东西两部，互相争战不息，进入中亚定居的蒙古人被突厥同化，与东察合台蒙古人互相鄙视敌对。帖木儿在乱世中发迹，建立庞大的帖木儿帝国，112年后被昔班尼重建的乌兹别克汗国攻灭。
西辽和蒙古在中亚400年的统治，虽未能改变中亚的宗教信仰，但其军事政治制度都被继承下来，以至于成吉思汗的后裔长期被尊为唯一合法的统治者。蒙古统治的积极方面是使东西方交通大开，经济文化交流畅达。中原地区又如同唐朝时一样，成为中国中原王朝的属地。只是到了明朝末年，才又被游牧部落的分裂割据，使丝绸之路成为畏途。
金帐汗国从14世纪后半期起急剧瓦解，经过100年后完全崩溃。从伏尔加河以东到西西伯利亚低地一带的所谓白帐，这时已经完全独立出来,后来变成哈萨克汗国。金帐汗国南部的花剌子模，被帖木儿朝所并。金帐汗国西南部出现一个克里木汗国，伏尔加河的中下游出现喀山汗国与阿斯特拉罕汗国。明朝中期俄罗斯的莫斯科公国摆脱金帐汗国而独立，先后吞并白帐（喀山汗国）、蓝帐（阿斯特拉罕汗国）、西伯利亚（密失儿汗国）三个汗国，西与欧洲争霸，东向中亚扩张侵略。
蒙兀儿斯坦的察合台后裔，在歪思汗与1428年死后，其子羽奴思汗与也先不花分裂、各据一方。在帖木儿后王速檀。阿合马死后，蒙兀儿斯坦内战频仍、混乱不堪，再也为实现统一。柯尔克孜人和哈萨克人则在蒙兀儿斯坦汗国的废墟上强大起来。从此，部落领袖各自称王。作为部落的基层的氏族公社，则过着闭塞的生活，很少与外界发生联系。这种经济上和政治上的分散性，正是金帐汗国及其他游牧国家分裂和衰落的原因。而帖木儿及其后王的进攻，又加速了这种衰落。15世纪后半期的中亚史，基本上是以昔班尼汗为首的乌兹别克人南下驱逐帖木儿后王的历史。
16世纪后，海上丝绸之路兴盛起来，中亚诸国无可挽回的衰败下去。在此期间，封建割据的小国，在宗教狂热的迷误下，征战不息，盗匪横行、交通阻遏、丝路难行。科学遭到激烈反对，经济为之萧条，政教完全合一，历史车轮倒开。与此鲜明对照的是，西欧诸国却进入了资本主义萌芽的时期，纷纷向西出海，寻求来东方的商路。生产力的发展导致科学技术的进步，西欧的宗教改革，新航道的发现和殖民地的开拓等等，都导致财富的增加、原始资本的积累和资本主义强国的出现。中亚各伊斯兰王朝昔日的繁荣成了令人怀想的记忆。
新疆地区:西辽亡国之前，1212年高昌回鹘王国和伊犁的哈刺鲁先后归附于成吉思汗。蒙古军大败西辽军，追杀屈出律于塔里木盆地，天山南麓、喀什、叶儿羌、于阗诸城依次皆归属蒙古，唐末以后新疆各地纷争割据的局面结束，为元、明两朝和成吉思汗后代统治西域打下了基础。
蒙古西征以及元明时期大规模移民西域屯垦，随军而来的大量女真人、契丹人、汉人、西夏人落居于天山南北各地，推进了西域屯田事业的发展和生产技术交流。草原丝绸之路得到大规模的拓展。东西交通的发展是蒙古、元朝最为显著的贡献。
东察合台汗王后裔赛依德建立叶儿羌汗国，历史长达200年期间，维吾尔族文学艺术有重大发展。《拉失德史》弥补了汉文史料中新疆和中亚历史的不足，王妃阿曼尼莎和乐师兼诗人玉素甫·柯迪尔汇编的16部乐章《木卡姆》留传下来余12部，至今依然是中亚和新疆民族文学艺术的珍宝。《阿凡提的故事》则是察合台汗国时期民间文学的代表作。中国三大民族史诗中的两部史诗-----------《玛纳斯》和《江格尔》，分别代表柯尔克孜族和蒙古族古代文学的巅峰。
成吉思汗的孙子蒙哥汗时期，在别失八里[吉木萨尔]和阿力麻里设立行尚书省，这是我国最早建立的行省。元代近百年历史中，新疆地区一直受到元朝中央的重视，把它置于和内地其他行省同样的地位。
元明交替期间，统治天山南北的蒙古贵族察合台汗的后裔分裂割据，不相统属，相互争斗。明朝统一中原后，这些政权愈见衰落。哈密最先归顺明朝，由此建立哈密卫；不久，哈密以北的瓦刺 [后来的厄鲁特]首领也顺明入贡，请求封爵，得封顺宁王等。此后，于阗、喀什噶尔等各地的王也向明朝纳贡，均由明朝册封。
11世纪初，喀喇汗朝对于天的圣战取得胜利，伊斯兰教在于阗取代了佛教，然而在北方，信仰佛教的西周回鹘王国领地的库车以东的阿斯兰王对喀喇汗朝的扩张进行了坚决抵抗，致使伊斯兰教室里长期未能越过库车一线。14世纪后，元朝势力退出天山南北地区，同时，察合台汗国的统治者，自秃黑鲁贴木儿汗于1322年皈依伊斯兰教起，成为清一色的穆斯林，到贺则尔汗时期，汗国全部国务活动都涂上了浓厚的宗教色彩。
从十世纪开始的伊斯兰教的东传，无论是维吾尔族的历史上，还是在西域的历史上及整个伊斯兰教的历史上都长生了深远影响。一方面，阿拉伯文化和波斯文化通过伊斯兰教的传播不断传入西域，使西域各个国家固有的文化增添了新的内容和光彩，同时，伊斯兰教的传播有效的促进了西域民族的大融合；另一方面，伊斯兰教的所谓圣战使西域人民的生产、生活遭受极大损失，而且额由于宗教的偏见，又要使历史悠久的、一致居于统治地位的佛教文化和艺术遭到了毁灭性打击和破坏，特别是维吾尔民族的绘画、泥塑、雕刻等造型艺术出现了一个长达数百年之久的空白。
中亚居民国属变化:
十五世纪中亚各地的大多数居民是突厥人和塔吉克人。所谓突厥人泛指当时操突厥语的各个民族，包括察合台人、乌兹别克人、蒙兀儿人、哈萨克人柯尔克孜人等；所谓塔吉克人，是指操伊朗语的民族，他们是古代雅利安人的后裔，而非一般人说的“大食人”；除了尚未信奉伊斯兰教的柯尔克孜人以外，他们都统称或自称为穆斯林。当时并没有严格的把突厥人区分为各个不同的民族。乌兹别克人同哈萨克人这时在经济生活上和人种成分上都没有什么差别。乌兹别克人和哈萨克人原来都是金帐汗国的臣民，有许多部落如乌孙、克烈、乃蛮、钦察、札剌亦儿、契丹、葛逻禄、畏兀儿、弘吉剌等，同鉴于这两个民族之中。近代的各个民族当时还没有形成，但已经有了形成这些民族的雏形。
蒙古西征中亚，统治新疆至元明时期，西域新增大批女真人、契丹人、汉人、西夏人。哈刺鲁人是葛逻禄的后代。隋唐时代的回纥、回鹘至元明时期称为畏兀儿，后称维吾尔。
回回人为中亚突厥语族诸民族部落，波斯人和阿拉伯人及其后代。
柯尔克孜人从16世纪以后陆续迁入费尔干纳地区，准噶尔人称柯尔克孜人为布鲁特人。清朝时期
清朝（1644—1911）
希瓦汗国（1515—1873）
布哈拉汗国（1518—1785）
准噶尔汗国（1640—1759）
浩罕汗国（1710—1876）
清朝统一新疆（1760）
浩罕归属清朝（1760）
哈萨克归属清朝（1755）
土尔扈特西迁（1628）
土尔扈特东归（1771）
第二次鸦片战争（1856～1860年；咸丰六年至十年）英、法在俄、美支持下联合发动的侵华战争。
俄国征服中亚（1876）
中俄不平等条约割占中国领土:
《中俄勘分西北界约》 1864年 44万平方公里
《中俄伊犁条约》 1881年 7万多平方公里
（1）《中俄伊犁界约》 1882年
（2）《中俄喀什噶尔界约》1882年
（3）《中俄科塔界约》 1883年
（4）《中俄塔尔巴哈台西南界约》1883年
（5）《中俄续勘喀什噶尔界约》 1884年
新疆建省（1884）
中亚地区:18世纪前半期，中亚河中地区内部分裂衰弱，整体动荡混乱。费尔干纳地区独立出来，浩罕汗国形成。哈萨克草原为一种准噶尔、哈萨克与俄国的三角磨擦关系。哈萨克汗国1723年经历“准噶尔大灾难”后，各部落西迁四散。中亚四周强邻迭起，北面沙俄向南扩张，步步进逼，南面阿富汗也崛起一个杜兰尼帝国。
1760年清朝平定噶尔丹叛乱，统一新疆，浩罕汗国和哈萨克各部落相继归属清朝，中亚出现了一个相对和平安定的时期。18世纪后半期，俄国向南推进，对中亚的政策以发展商业贸易为主，到世纪末，绝大多数俄国商人被从中亚市场排挤出去。布哈拉汗国和土库曼部落相继被俄国征服，通往撒马尔罕的铁路顺利建成。1865年2月俄国在中亚新占领区成立突厥斯坦省，中亚成了沙俄的殖民地。1898年12月，俄国的铁路从马雷延绅到阿姆河上的库什卡，由于英国的反对，俄国才没有继续向南扩展到阿富汗境内。不过，俄国仍然在阿富汗边境制造麻烦。
18世纪中叶是中亚历史上一个重要转折时期。清朝平定准噶尔部是一个划时代的事件。这不仅使中亚各汗国民族免除了来自东面经常的威胁，而且由于清朝国力强盛，统治稳定，遂形成一种空前的安定局面。另一方面，沙俄在这一时期向中亚的扩张意图还比较隐蔽，还只是缓慢的进行政治、文化渗透。在1760年以后的数十年里，中亚欧亚草原进入了政治上的和平安定时期。
清朝统一新疆后，原准噶尔部的领土归于清朝版图。客观上也有准噶尔汗国崛起强盛的历史贡献。沙俄对中国早有野心，从巴图尔洪台吉，到噶尔丹时期均未对沙俄出让一寸领土。到清朝平定准噶尔汗国后，西域宰桑湖、巴尔喀什湖以及伊塞克湖等地还都在中国的国界之内，而浩罕汗国的版图还很小，主要在费尔干纳地区。事实上，在清朝平定大小和卓叛乱的时期，西布鲁特部15部的柯尔克孜人都成了清朝的臣民。浩罕汗国也曾有数年臣服清朝。1771年初，原被准噶尔部排挤而西迁至伏尔加河下游的蒙古土尔扈特部因不堪沙俄的压迫，在渥巴锡的率领下，冲破沙俄军队的围追堵截，艰难跋涉八个多月，终于回到祖国的怀抱。
19世纪前期，浩罕发展成中亚大国，大肆扩张，强盛一时，成为中亚人口最多、地域最大的伊斯兰国家。俄、英、法帝国列强在世界争霸的同时，开始在伊朗角逐。中亚诸国一直受到列强的侵略欺凌。俄国先后兼并了格鲁吉亚、高加索，并用武力迫使伊朗成为附属国，俄国发动了对希瓦汗国的战争，伊朗在俄国的支持下向阿富汗扩张，英国则从印度对阿富汗发动战争，俄、英二国的战争都以失败告终。
19世纪后半期，俄国在第二次鸦片战争后占据巴尔喀什湖以东、以南的大面土地，并于1864年开始向中亚腹地大举入侵，至1876年征服中亚诸汗国。四处扩张、横行一时的浩罕汗国在图谋新疆屡遭失败后，也难逃沙俄的魔掌，最终沦为沙俄的殖民地。
新疆地区:
平定准噶尔:清代是中国近代疆域最后形成统一的多民族国家最终确定的时期。明末清初，蒙古族分为漠南蒙古、漠北蒙古、漠西蒙古三大部。这些蒙古部族之间相互攻打，还经常南下骚扰内地。游牧于天山以北的西蒙古卫拉特四部中，准噶尔部渐强扩张，土尔扈特部西迁伏尔加河下游，随同西迁的还有部分和硕特、辉特、杜尔伯特部落人，他们因不堪沙俄的压迫，苦熬140年后又历经艰辛回归祖国；和硕特部迁居青藏高原；在新疆境内，除了一部分未迁走的土尔扈特人和和硕特人以外，就以准噶尔部和杜尔伯特部为主。
准噶尔汗国在巴图尔洪台吉时期对维护四部联盟，提倡农业，鼓励定居，保护喇嘛教，反抗沙俄扩张均有突出贡献，颇受称颂。而其第7个儿子噶尔丹则是个野心家，清朝从康熙到乾隆为平定噶尔丹叛乱花费了70年时间。清朝平定大小和卓叛乱之后采取政教分离等民族政策，新疆出现多种宗教并存局面，人口和经济空前发展，各民族文艺又有一定发展。
晚清新疆:19世纪中叶，由于帝国列强的侵略和清政府的封建压迫的加剧，引起全国人民的反抗。在天平天国起义、陕甘回民起义的影响下，新疆各地也爆发了大大小小的反清起义。 1864年6月，新疆库车爆发农民起义，建立热西丁政权；7月，和田建立帕夏政权；10月，伊犁建立苏丹政权。清代后期中亚浩罕汗国支持下的张格尔叛匪曾四次侵略新疆，最严重的是英俄支持的阿古柏匪帮在新疆横行虐使十三年，给新疆各族人民带来巨大灾难。阿古柏勾结英俄，利用各地割据政权之间的矛盾，各个击破，到1871年已侵占南疆各城以及吐鲁番、乌鲁木齐、玛纳斯等地。各地人民奋勇抵抗入侵匪寇。由于得不到统一而有效的指挥，数十万维吾尔、回族、克尔克孜、汉族等民族遭到血腥屠杀。
新疆是西大门，是中国同欧洲和阿拉伯各国交往的陆路通道，战略地位重要。沙皇俄国是侵略我国西北边疆的元凶。1864---1884年间，沙俄利用第二次鸦片战争中国战败、国力衰弱的机遇，通过一系列不平等条约[《中俄伊犁界约》、《中俄喀什噶尔界约》、《中俄科塔界约》、《中俄塔尔巴哈台西南界约》、《中俄续勘喀什噶尔界约》]割占中国西部51万多平方公里领土。
新疆危机:19世纪后半叶，清政府面临东西两面国家危机的严峻局面。1865年1月，浩罕国军官阿古柏入侵新疆；3月，乌鲁木齐建立清真王政权；1871年7月，沙俄武装强占伊犁；1872年6月，阿古柏在新疆的喀什、英吉沙、莎车、和田、阿克苏、乌什、库车悬挂出奥斯曼土耳其帝国国旗并发行货币；1874年，日本国入侵台湾。在清朝国力衰竭的严重情势下，清廷内部出现了两种截然不同的意见，这就是持续了几个月的所谓海防与塞防之争。实质是要不要收复新疆，要不要拯救新疆人民的大是大非问题。李鸿章为代表的海防派认为“海防西征，力难兼顾”，主张放弃新疆。左宗棠强调海防、塞防二者并重，不能扶起东边倒却西边，力主收复新疆。
这一场争论的结局是清朝政府采纳了左宗棠的意见，光绪元年（1875）四月初，左宗棠被任命为钦差大臣，督办新疆军务，拥有筹兵、筹饷和指挥全权。1876年6月，清军开赴新疆，仅用一年多的时间就收复新疆大片领土。1878年1月经和田最后一战，全部光复新疆，将阿古柏入侵势力彻底驱逐出境。
湘军西进，最终眼光投向伊犁，决心与沙俄作一番较量。沙俄到手的利益生变，恼羞成怒，扬言动武，在边境线增调军队，又派军舰在沿海游弋，风声鹤唳，剑拔弩张。这时，海防塞防争论焦点已从新疆全境缩小为伊犁一地。李鸿章痛诋左宗棠酿成兵战之祸，再次主张承认沙俄宰割伊犁之条件，而左宗棠反对，继续备战，坚持全部索还。朝廷改派曾纪泽赴俄重议。更改已签条约本身就是难题，但内有左宗棠战备不懈，外有曾纪泽尊俎折冲，终于改订新约，将霍尔果斯河以东的伊犁辖区原状收回，免遭肢解。为了要收复伊犁，当时清朝政府首先派了一个谈判代表，叫崇厚，签订了一个《里瓦吉亚条约》，等于是没有打仗就割地赔款，后来又派了曾纪泽去改订条约。外交斗争必须要有武力为后盾，所以当时左宗棠做了充分准备，分兵三路，准备去收复伊犁。这时的左宗棠已经快70高龄了，身体不好，在营帐里面还吐血，于是他也为自己的后事做了准备，舆榇出关，也就是抬着棺材出了嘉峪关，准备和敌人决一死战，准备战死疆场。在左宗棠这样一种军事备战的支持下，曾纪泽通过外交斗争，终于修改了条约，争回来了一些权益。1890年，美国人史密斯出版了《中国人的气质》，在这本书里头，他高度评价了左宗棠收复新疆，说左宗棠的农垦大军彻底完成了他的使命，其伟绩在任何现代国家的史册上，都是最卓越的。
新疆建省:1883年年底，清军在收复新疆的进程中每克一城就设置善后局，办理善后事宜。这些临时性的地方行政机构，对医治战争创伤、监管地方民政、司法、赋税等重要工作方面成绩十分显著，为新疆建省打下了良好基础。1884年11月新疆建省，省会为迪化[乌鲁木齐]。新疆建省，统一了新疆与内地的行政制度，有利于人民的交往，促进了新疆社会经济的发展，加强了祖国的西北边防。
清政府统一新疆后，实行军府制统治，与1762年设伊犁将军于惠远城，为统治新疆全境的最高长官。伊犁、塔城、喀什噶尔各设参赞大臣，统辖当地军政；乌鲁木齐设都统，辖北疆各地及吐鲁番；喀什噶尔的参赞大臣辖喀什、英吉沙、叶尔羌、和阗、乌什、阿克苏、库车、焉耆八城的办事、领队大臣。伊犁将军及各地大臣皆不理民政，民政事务均由各民族头目自理，但他们的任免、承袭，悉由各地大臣办理，有的还要奏报朝廷。
清政府对新疆各族的统治，因传统制度不同而采用不同的办法:维吾尔族聚居地实行伯克制度；蒙古族聚居地实行札萨克制度；回、汉族移民聚居地[巴里坤、乌苏]按照内地行政建制，设镇迪道，下辖各府、州、县。清政府还从东北、内蒙等地迁移锡伯族、索伦族、厄鲁特、察哈尔四营官兵携家眷驻防伊犁，加强西北边防。自乾隆统一新疆后较长一段时间里，因上述举措得宜，新疆社会基本上是政治稳安定、经济发展的。
新疆建省是历史发展的必然趋势。他统一了西陲边疆与内地的行政建制，取消了对人民迁徙的限制，密切了内地与新疆各方面的联系，促进了新疆经济、文化的发展，增强了抵抗俄、英等帝国列强的力量。然而，新疆统治中心过早的自伊犁东移到乌鲁木齐，也是沙俄割占我国50余万平方公里领土所造成的恶果。
帕米尔问题:帕米尔古称葱岭，自公元前60年汉设西域都护府起，即为中国的领土，到清朝，中央政府对此仍然进行着有效的统治。曾设置大小卡伦20余处。沙俄从1876—1890年，先后派遣10多批“考察队”，潜入我国帕米尔地区。1891年7月，甚至派上校约诺夫率马、步、炮兵300多人侵入帕米尔，劫走了乾隆帝写的记叙平定回部大小和卓木叛乱经过的苏满塔什纪功碑。1892年，约诺夫率领侵略军1500多人，两次侵入帕米尔地区，公然违反1884年《中俄续勘喀噶尔界约》的规定，强行侵占了萨雷阔勒岭以西郎库里、阿克塔什平川和阿尔楚尔等中国2万多平方公里的领土。
清政府为此多次向沙俄政府提出抗议，并要求沙俄撤走侵略军。沙俄企图通过谈判使其侵占“合法”化，便要求中俄举行划界谈判。喀西尼在会谈中提出以萨雷阔勒岭为中俄边界。中国驻俄公使许景澄据理驳斥了沙俄的无理要求，沙俄竟然拒绝与许谈判。1893年4月16日，清政府派汉驻法参赞常庆与俄外交大臣吉尔斯谈判。常庆力主按喀约划界，据理力争，使吉尔斯理屈词穷。由于沙俄并无诚意，致使趁中国在中日甲午战争中战败之机，背着中国政府与法国达成瓜分萨雷阔勒岭以西的中国帕米尔领土的协议。
1876年以后，英俄对中亚的控制、争夺加剧，双方开始把争夺的目光转向中国的帕米尔地区。经过激烈的争吵，英俄背着清政府与1895年3月11日秘密签订了关于划分帕米尔势力范围的《英俄协议》，规定俩国在帕米尔地区的分界线，并与1895年7月9日树立了界桩，私分了我国的帕米尔。当清政府从外国报刊上获知英俄私分帕米尔后，对英俄提出强烈抗议。发表声明表示:“此后日必重申前说”，表明中国对帕米尔享有主权的严正立场。1894年4月，清政府被迫与俄方互换照会，同意在帕米尔地区维持现状，互不进兵，同时重申中俄帕米边界问题并未解决，中国并未放弃对帕米尔领土的权利。
清政府同意在中、俄关于帕米尔问题未得到最终解决以前，双方保持各自的位置，“并不意味着放弃中国对于目前由中国军队所占领土以外的帕米尔领土所原有的权利”。此后的历届中国政府从来没有承认过沙俄违约侵占上述地区的合法性。十月革命后新成立的苏联政府也承认苏、中在帕米尔地区存在着边界问题。1926年3月25日，中国政府向苏联政府提出:“帕米尔地方本系中国领域，于1892年被前帝俄政府以借境为言派兵强占，迄今成为悬案。”同年4月14日，苏联政府复照中国政府；“至从前未划界之处，亦应另定新界。”即同意在适当时机举行苏、中关于帕米尔地区边界问题的谈判，以处理历史上遗留下来的问题。但时至今日，这个问题仍未解决。
中亚居民国属变化:
18世纪后半期，由于清朝消灭了准噶尔汗国，中亚获得相对的和平与安定，大批逃难者迁到费尔干纳定居，该地区即有大量乌兹别克人，还有阿拉伯人、土耳其人、柯尔克孜人等种族集团。吉尔吉斯人以汉代坚昆，唐代黠戛斯为渊源，即今柯尔克孜民族的前身。哈萨克人的渊源为塞人、乌孙人、匈奴人、康居人、阿兰人、可萨、咄陆、突骑施、葛逻禄、克烈、乃蛮、钦察、弘吉刺惕、札刺亦儿等古代民族和部族。
清代新疆民族结构发生重大变化，大体分为伊斯兰文化诸族和非伊斯兰诸族。
