南京卫戍军:司令长官唐生智,副司令长官罗卓英、刘兴
第2军团:军团长徐源泉
第41师:师长丁治磐
第48师:师长徐继武
第66军:军长叶肇
第159师:师长谭邃
第160师:师长叶肇(兼)
第71军:军长王敬久
第87师:师长沈发藻
第72军:军长孙元良
第88师:师长孙元良(兼)
第74军:军长俞济时
第51师:师长王耀武
第58师:师长冯圣法
第78军:军长宋希濂
第36师:师长宋希濂(兼)
第83军:军长邓龙光
第154师:师长巫剑雄
第156师:师长李江
教导总队:队长桂永清
第103师:师长戴之奇(代)
第112师:师长霍守义
宪兵部队(宪兵第二、第十团、教导团):宪兵副司令萧山令
陆军装甲兵团指挥官刘介辉第三连赵鹄振少校(17辆一号战车[29],据某些记载仅10辆与役)
江宁要塞部队:要塞司令邵百昌
炮兵第8团1个营、第10团1个营(战车防御炮计8门)
防空司令部所属各高射炮队(大小炮27门)
城防通信营
本部特务队中支那方面军:司令松井石根大将,参谋长冢田攻,副参谋武藤章
上海派遣军:司令朝香宫鸠彦王中将
第3师团:藤田进中将
第29旅团:上野勘一郎少将
第5旅团:片山理一郎少将
先遣队(联队):鹰森孝大佐
第9师团:吉住良辅中将
第18旅团:井出宣时少将
第6旅团:秋山佳兑少将
第11师团:山室宗武中将
第10旅团:天谷直次郎少将(天谷支队)
第22旅团:黑岩义胜少将
第13师团:萩洲立兵中将
第26旅团:沼田重德少将(沼田支队)
第103旅团:山田栴二少将(山田支队)
第16师团:中岛今朝吾中将
第19旅团:草场辰巳少将
第30旅团:佐佐木到一少将
重藤支队:重藤千秋
第10军:司令柳川平助中将
第6师团:谷寿夫中将
第11旅团:坂井德太郎少将
第36旅团:牛岛满少将
第18师团:牛岛贞雄中将
第23旅团:上野龟甫少将
第35旅团:手冢省三少将
第114师团:末松茂治中将
第127旅团:秋山充三郎少将
第128旅团:奥保夫少将
第5师团歩兵第9旅团:国崎登少将(国崎支队)
第三飞行团:值贺忠治
从12月4日,国军第88师孙元良部,与陆军装甲兵团第3连(一号战车)在南京南方和日军正面接触开始,一直到12月12日,南京东南方紫金山、雨花台沦陷,守军全数殉国(孙元良第88师之战斗详报:(节录) 12日晨,沿京芜铁路进攻之敌已逼近赛虹桥。雨花台方面因系敌主攻所在,虽经全部我官兵奋勇苦斗,奈外无粮弹,内无援兵,且敌挟战车、飞机、大炮……上午,韩团长宪元、营长黄琪、周鸿、符仪廷先后殉难;下午旅长朱赤、高致嵩,团长华品章、营长苏天俊、王宏烈、李强华亦以弹尽援绝,或自戕或阵亡,悲壮惨烈。全部官兵六千余员皆英勇壮烈殉国)。国军在绝对劣势下苦撑一个星期,直到唐生智临阵脱逃为止,国军一直都在苦战。从12月13日早晨,日军第6师团及第114师团首先入城,同时第9师团进入附近的光华门,日军第16师团与第13师团其中一部则进入中山门及太平门,山田支队占领乌龟山,朝幕府山前进。同日下午,2支日本海军小型舰队到达长江两岸。正式占领南京到日军宣布南京地区战事正式结束,又经过了6个星期。在这6个星期内,日军各方面记录都表明零散国军都在抵抗。声称南京保卫战根本不存在,这个话连日本人都说不出来(日方记录:中国军由于民族主义的自觉,在上海死力抵抗,苦战多时;攻南京时亦遭中国军坚强抵抗,日军伤亡很重,因此痛恨国军。所以引致南京屠杀报复。日军中将武藤章在远东国际军事法庭的讯问中曾说:“由于日华战争是不宣而战的事变,所以决定对被捕的中国人不作俘虏处理(屠杀)。”)。