廖文毅（1910年3月22日－1986年5月9日），本名廖温义。在二二八事件前主张联省自治，在事件后开始主张台湾独立，曾任“台湾共和国临时政府”大统领。1965年因遭台湾当局的株连主义的威胁，廖于是向中华民国政府投降返台。
一，一门六博士
廖文毅生于云林县西螺镇一个乡下仕绅的家庭。廖文毅的祖父廖龙院（1835-1893）以开私塾教汉学为生，是西螺地区最早的基督徒。其父廖承丕（1871-1939）于1895年乙未战争时曾率众抗日，为义军重要将领，以西螺七崁功夫闻名于世；善理财，大量购买土地，成为当时地方上数一数二的大地主，1916年被任命为西螺区长。廖文毅的母亲陈明镜（1875-1966），为嘉义基督教长老教会传教士陈有成的妹妹，毕业于台南长荣女子中学，是具备现代知识的女子。廖承丕受妻子的影响，虔诚信教，捐献土地，建立教堂，并出任长老。廖家积极吸收西方文明，重视子女教育，两代之间，出了6位博士，传为美谈，家势蒸蒸日上，成为西螺望族。
廖承丕弟廖焕章（1885～1944），台北医学校毕业后，赴京都帝大就读，获医学博士，至上海行医，逝世于上海。长男一雄取得医学博士，三男英雄获生化学博士。廖承丕么弟廖行生（1890～1943），京都帝大经济学部毕业。
廖承丕有8个子女。长男廖温仁（1893～1936），日本东北帝大医学部毕业后，因对史学有特别兴趣，又进京都帝大文学部东洋史学科，专攻中国医学史，1928年获得医学博士。去世之前，出版《支那中世医学史》，逝世之后二个月，又出版《东洋脚气病研究》（博士论文）。逝世前，已获任台北帝国大学教授，因遽逝而未赴校。妻廖蔡秀鸾（1905～1965）出身清水望族，母亲为长老教会教徒。
次子廖文奎（温魁，1905～1952），公学校毕业后，进日本同志社中学，1923年到中国，进入教会系统的金陵大学，专攻中国的政治思想；谙熟北京语、南京语、法语和德语。1928年赴美进入芝加哥大学社会学部，除专攻社会学之外，也涉及政治理论。1934年获社会学博士，与瑞典裔美籍女子结婚。再赴南京担任中央政治学校、中央陆军军官学校和金陵大学教授。1936年，出版《人生哲学之研究》。1939年《韩非子》英译本在香港出版。
廖文毅在家中排行老三，1925年从公学校第一名毕业后，进入淡水中学，就读一年后，转至日本同志社中学，受二哥的劝导于1928年进入南京的金陵大学工学院机械科。1932年，赴美就读密歇根大学，获硕士后，转至俄亥俄州立大学，于1935年获得化学工程博士。博士毕业后不久，与在美国出生的李惠容结婚，李惠容的父亲是广东人，当牧师，母亲是英国人。婚后不久即与妻子一起返台。1936年9月，廖文毅携家到中国，担任浙江大学工学院教授，并兼任系主任，出版了《台湾之糖业的研究》等书。1939年，廖父病危，廖文毅于是举家返台探视父亲。父亲逝世后，廖文毅与兄长一起成立“大承物产株式会社”和“大承信托株式会社”这两家公司。
二，嫉贤妒能，培植“台独”
由于廖文奎和廖文毅两兄弟都有中国经验和美国经验，日本特高警察对他们相当注意。文奎为了躲避中日战争紧张关系所带来的监视，于1939年7月再赴上海，担任大学教职。其间，据说陈立夫《唯生论》即由其代笔。至日本战败，一直未再回台湾。在日本于1941年12月偷袭珍珠港前后，殖民当局派特务暗中跟踪廖文毅。1941年11月，廖文毅曾遭日本特高逮捕。
1945年中华民国政府接管台湾，廖文毅被指派为台湾行政长官公署工矿处的简任技正，并兼台北市政府工务局长；次年，改任台北市公共事业管理处处长。1946年8月，廖文毅决定试着去竞选中华民国“国民参政会”的参政员。这次的选举采间接选举，由台湾省参议员投票选出，廖文毅应当选，却因被行政长官公署民政处长周一鹗作梗将其中一张选票（“廖”字墨水未干弄脏）视为废票而被判落选。两个多月后，廖文毅再度出马竞选参加“制宪国大代表”的选举，却不幸再度落选（台北市区选举，连震东得22票，廖文毅得7票）。在这两次的选举中，廖文毅都提出“联省自治”的主张，引起国民党台湾党部的不满，认为这是“造反的行为”。陈仪和连震东、黄朝琴、谢东闵、林顶立、黄国书、刘启光、王民宁等人，对廖文毅不怀好感，生怕廖文毅当选，成为新一代的领导人物。也许在这样的心理下，廖文毅被有意的排挤了。如果当局不这般嫉贤妒能，“台独”就不可能生长。
1945年廖文毅创立了“台湾民族精神振兴会”，自任会长，同年又组“台湾宪政会”，并于1946年9月创刊《前锋》杂志。在发刊词《告我台湾同胞》一文中，它写道：“对国民政府接收台湾与回归祖国感到满怀希望……回到祖国去，做了大中华民国的国民，能够与世界任何的民族并肩的一等国民”，充份表现了对国民政府接收台湾与回归祖国的热烈希望，这同时也反映了当时多数台湾人民的期盼。
1947年2月21日，廖文奎撰写《在台湾的帝国主义和民族主义的斗争》，批判国府接收人员彷如帝国主义，自认是解放者，轻视台湾人，排斥台湾人。台湾人在被压迫之下，将会从中国民族主义转变为台湾民族主义。228事件中，228事件处理委员会于3月7日提出32条大纲及十项要求，主要诉求内容是台湾人高度自治，县市长民选，军警公务人员应大量启用台湾人，保障言论思想出版自由。诉求中并没有提出台湾独立的主张，但国府已视此为叛乱，认为台湾人要独立，而派兵镇压，台湾领导菁英和庶民死伤无数。
1947年2月25日，廖文毅和他哥哥廖文奎，廖史豪和林纯章等4人，离开台湾到上海印行他们开办的《前锋》杂志。1947年3月1日才由《大公报》得知台湾发生了228事件，他们实时联合旅沪的6个台湾人同乡会团体，组成“台湾228惨案联合后援会”，发展告全国同胞书。呼吁正视台湾问题，其中包括撤办陈仪、派员调查惨案、取销专卖等，但没得到回应。陈仪于4月18日发布“228事变首谋叛乱犯在逃主犯名册”30人，廖文毅、文奎名列其中，成为叛乱通缉犯。
228事件后，魏道明出任台湾省主席，贪污手法比陈仪更高明，台湾每况愈下。廖文奎在上海的《China Weekly Review》撰稿刊登一篇文章“Formosa Scandal” ，批评魏道明主政的缺失。1947年6月，国民党特务怀疑他在背后煽动228事变，分别由上海警备总部、台湾警备总部下令通缉，廖文毅遂前往香港。他在台湾的美国太太也天天被骚扰，李惠容求助美国驻台副领事柯乔治（George Henry Kerr），柯乔治教她：“没关系，妳插一支美国国旗在屋外。”此法果然有效。后来经由廖文毅的堂弟兼管家林奉恩协助，设法将她母子一家送往香港与廖文毅团聚。但李惠容从此也决定独自带着子女回美国，此后漫长的后半生，他们未曾再联络，妻子绝口不提丈夫的事，子女也各自成家，成为道地道地的美国人，但是他们还保有他的台湾姓氏。
三，台湾共和国临时政府的成立
1947年10月，留在上海的廖文奎则与黄纪男等人召开记者招待会，描述228事件真相，提出台湾独立。1948年228事件一周年前夕，廖文奎在上海遭警备司令部拘捕，坐牢100天后被释放。1947年9月，廖文毅、廖史豪叔侄托人将在香港印制给联合国的请愿书，携往欧洲，该份英文备忘录上明确表示台湾人要独立的主张，这是228事件后，台湾人第一次向全世界宣示要独立的开端。
1947年6月，廖文毅于香港九龙半岛成立“台湾再解放联盟”（The Formosan League for Re-emancipation）。1948年召开第二次干部会议，廖文毅担任台湾再解放联盟台湾临时政府主席，设有各个部门、海外支部和外围组织等 ，首倡台湾先行脱离中国，暂时置于联合国托管理事会（United Nations Trusteeship Council）之下，再由台湾公民投票决定台湾该隶属中国或独立。1948年9月1日，该组织向联合国提出了托管台湾的请愿书，明确提出台湾独立的主张。
“台湾再解放联盟”曾一度与台共分子谢雪红和苏新等合作，但基于谢雪红等人另行成立“台湾民主自治同盟”，遂与廖文毅等人分手。1949年国民党失去大陆造成香港社会动荡，1949年12月廖文毅遂潜赴日本，并于1950年2月28日在京都召开“228事件3周年纪念日”，发表台独主张，之后遭到美军以“非法入境”逮捕，进巢鸭监狱7个月。廖史豪等人说其实这是美军司令部的一种保护措施，坐牢就不必遣送回国。在监狱中，廖文毅与横滨行医的吴振南等一众台湾人，决定将“台湾再解放联盟”改为“台湾民主独立党”，于同年5月17日在东京神田YMCA成立，以台湾由美军接管，及公民投票决定台湾前途为诉求，对外宣称拥有1400名党员，成为当时在日本台独运动的中心。
1951年及1954年，世界联邦亚细亚会议共在日本召开两次会议，廖文毅两次都率领代表团参加，并提出：为消除台湾海峡国际情势的不安，台湾问题应早日在联合国讨论，以和平的、根本的方式，让台湾人公民投票决定台湾前途。
廖文毅得以台湾共和国临时政府大统领的身份，与周恩来一同出席1955年4月18日到4月24日在万隆举行的第一次亚非会议。廖文毅很低调，其发言稿由印度尼西亚首相代为宣读：台湾受蒋氏政权非法占领，国民党为了维护政权，在台湾施行独裁统治，制造台海危机，扰乱亚洲和平，唯有台湾独立，亚洲才能真正和平。同年7月18日，美苏英法四巨头在瑞士日内瓦开会，台湾民主独立党更进一步提出“台湾永久中立”之说，希望在联合国的监视下，台湾获得独立。
在台湾独立诉求的推动下，台独人士认为有必要成立临时议会和临时政府的流亡组织。1955年9月1日，台湾临时国民议会正式成立，推举廖文毅为名誉议长，吴振南为议长，郑万福为副议长。11月27日，临时国民议会通过台湾共和国临时政府组织条例。依此条例，1956年1月15日，台湾临时国民议会改为台湾共和国临时国民议会，选出廖文毅为大统领，吴振南为副大统领，议长改由郭泰成担任。1956年2月28日，228事件9周年时，台湾共和国临时政府正式成立，大统领、副大统领和阁员也于当日就任，并发表独立宣言。同年8月1日公布台湾共和国临时宪法。廖文毅在《台湾民本主义》一书中，提出台湾共和国是继承郑氏王朝、台湾民主国之后，台湾民族的第三次建国运动。台湾共和国临时政府创设机关报《台湾民报》，获得不少海外台侨的支持。
四，镇压岛内“台独”
廖史豪、黄纪男先后赴香港，与廖文毅等相聚，推动台独工作。黄纪男于1948年4月，受廖文毅之命，与陈梧桐一起到日本活动，拜会国会议员仓石忠雄、首相芦田均、国会议员藤山爱一郎、美国合众社远东支社社长霍尔布莱特（Earnest Horbright）、麦克阿瑟、国会议员尾崎行雄、朝日新闻社社长绪方竹尾和在日台湾人。其中，藤山与尾崎相当支持台湾独立。1948年底，黄纪男回香港。
1948年9月，廖史豪自港返台，1949年6月，黄纪男也从香港返回台湾。1949年10月之后，黄纪男、廖史豪开始透过个别关系去吸收同志和同情者，传播台独思想。史豪和母亲廖蔡秀鸾拜访地方上的仕绅和知识分子，如彭明敏家族、郭国基、杨金虎、吴基福、陈英裕等，未获实质协助，不过也没被出卖。
在组织中，黄纪男当头，廖史豪为副，与钟谦顺负责台北地区的活动，偕约瑟负责基隆，钟谦顺和温炎煋在中部发展，许朝卿在台南嘉义，许剑雄在高雄。七个人单线联络，只有直的关系，没有横的关系。发展到屏东客家村时，被国民党破获。另外，廖史豪还有两条线：廖招明负责宜兰，吸收到郭振坤，后来郭案牵连到的宜兰人有四名，1955年11月15日被捕，除廖招明之外，其余5人被关一年；另一条线是潘启义负责台北，林国华负责高雄。廖史豪原判7年，后改为无期徒刑，就因这两条线被破，又加重刑期。
1950年初，钟谦顺和廖史豪组织特别行动队，钟为负责人，廖为副手，计划抢劫台银运钞车，以筹措革命资金，也曾计划暗杀蒋介石，所以偷偷向军方购买两支美制大手枪和几百粒子弹，被捕之后因“持有枪械之罪名”，增加刑期。1950年5月14日，黄永香、邱庆隆首先被捕，继之，牵连百余人，最后7人被判刑：黄纪男12年；廖史豪、钟谦顺、温炎煋7年；偕约瑟、许剑雄、许朝卿5年。7人都被移送绿岛。廖史豪由于廖招明、潘启义等被破获，再被判无期徒刑，1956年因丈人陈哲民返台，减刑为12年，黄纪男减为9年。1958年8月，廖史豪保外就医，黄纪男获释。其余人都是刑满才出狱。
出狱之后，廖史豪和母亲廖蔡秀鸾仍继续拜访台湾地方仕绅名流：郭雨新、石锡勋、陈启清、吴基福、杨金虎、郭国基、陈英裕、杨肇嘉、吴三连、叶廷珪、高玉树等人，谈论有关台湾独立的事。除访问名人之外，并计划暗杀蒋经国，以武力打倒独裁政权。
五，谋刺蒋介石破产
台湾共和国临时政府成立之后，向国际社会宣传台湾独立的主张，颇获回响。1957年8月31日，马来亚首相东姑阿都拉曼邀请廖文毅以“台湾共和国临时政府大统领”的身份参加独立庆典，与各国元首并列。8月31日的《南洋商报》标题便写道《“台湾共和国首任大总统”廖文毅来马参加独立庆典》。当记者询问廖文毅是否能说中国国语，其答谓不懂；而当以闽南语发问时，廖氏欣然答复之余，还频呼“兄弟！兄弟！”由于马来亚联合邦并未邀请北京或台北任何阵营的政府代表，使得廖文毅以东姑阿都拉曼“政治上的好朋友”这个身份受邀出席，格外引人瞩目。此热门新闻促使更多台湾人加入临时政府。海外台独运动消息，被有心人传回台湾，刺激岛内台独意识的萌芽，而后衍生1958年海军台独案、1961年苏东启台独案、1970年泰源监狱台独起义事件等。
1958年海军台独案。1955年海军中士许昭荣奉派到美国纽约接舰，看到华文版纽约时报头条新闻，报导台湾共和国临时议会在东京成立的消息，他非常感动。立即写信给东京的叔叔许仕，联络简文介，让简自东京寄《台湾独立运动十周年》到夏威夷日人佐久间家。在纽约停留期间，联合国正讨论台湾未来定位是否由台湾住民决定。许昭荣受此影响，台独意识乃逐渐萌芽。返台途中经夏威夷时，许昭荣取得《台湾独立运动第十年》。1957年，张干男在许昭荣住处，发现这本书，借阅之后并开始传阅。为了让更多人阅读，张干男等人开始进行翻译工作。1958年汉文的翻译笔记被军方搜查发现后，开始逮捕，一共10人被捕，其中1人是平民，其余9人都是海军现役军人。后许昭荣被判10年；张干男、曾国英8年；陈肇基、陈水清、吴荣山7年；施松雨、郑文腾、胡荣秋5年。均坐满刑期才出狱。
1961年秋天，联合国举行大会，蒙古人民共和国申请加入成为联合国会员国。当时的中华民国仍是联合国安全理事会常任理事国，势必会投否决票。美国总统肯尼迪派特使到日本邀请廖文毅赴美国白宫访问。廖文毅持英国护照于 1961年9月14日从日本飞抵瑞士，等待美国签证。国府知道这个消息后，态度立刻软化，表示愿意弃权不再反对蒙古入会，要求换取廖文毅不得赴美访问。美国见目的已达，借故拖延廖文毅入境日期，并只允准其入境访友探亲，廖不得已入境美国，访问友人之后，经加拿大，于9月底返回日本。
于是。气愤的廖文毅在日本收买郑松涛做刺客 。郑松涛30多岁，毕业于日本统治时期的“台湾警察学校”。在日本，郑松涛一直为日本的达官显贵当保镖。廖文毅的部下一找到他，郑松涛便拍着胸口大声说：“给我500两黄金，就能买到蒋介石的人头！”
1961年10月26日，郑松涛以日本华文报社记者的身份从东京飞抵台湾，入住台北白龙宾馆。接着，郑松涛给幼时密友、时任台北市警察局刑侦大队刑警岳安和打电话，邀其去宾馆叙旧。一番寒暄之后，郑松涛以写稿为名，从岳安和口中套出了有关蒋介石的一些日常情况。事有凑巧，这天的台湾报纸上刊登了蒋介石将于次日下午去“革命实践研究院”做演讲的消息。郑松涛决定将行刺日期定于次日。
为便于蒙混过关，郑松涛自日本入境时没有带手枪。他按照实现的计划，以到龟山岛考察为名，向岳安和借手枪“防身”。身为刑警的岳安和虽口头上爽快的答应了他的请求，但职业习惯使他觉得有什么不对劲：郑松涛刚来到台北时并未说过要去龟山岛，况且龟山岛上一无野兽二无海盗，根本无需带枪支防身。岳安和又仔细的回忆了郑松涛来台后的一些情况，发现他打听的全是与蒋介石安全有关的事情，联想到报上已公布的蒋介石将于次日去“革命实践研究院”演讲的行程，岳安和不禁大吃一惊，于是决定向当局举报，但一时又拿不准该向哪个部门举报。经过深思熟虑，他最后决定直接向蒋经国汇报。
按常规，岳安和根本进不了蒋经国的大门。于是，他想了个主意，骑着摩托车，驶到蒋经国官邸大门前，突然来了一个急转弯，向蒋经国官邸大门撞去。就在摩托车即将撞进大门的一刹那，两个便衣保镖把岳安和从摩托车从拽了下来。岳安和终于见到蒋经国。蒋经国经过听完详情后，立即给蒋介石官邸下令：“从现在起，按战备措施进行官邸警卫，外人不论是谁，一律不准进入官邸；总统要出去，必须力劝，劝不住就给我拦住，就说是我进的言。”随后，蒋经国又下令缉拿郑松涛。
这次抓捕行动没有成功。原来，刑警出身的郑松涛更是警觉，他眼见岳安和驾驶摩托车出了警察局大门，便立刻叫了一辆出租车紧随其后，并亲眼目睹了岳安和驾车闯入蒋经国官邸的一幕，于是赶在台湾当局封锁机场之前离开台湾潜回日本。随即，台湾“国家安全局”派出一支暗杀小组，由台北飞赴东京。1961年11月29日上午7时30分，身着一身西装的郑松涛去乘坐地铁。在站台上，伪装成乘客的台湾特工奇建容经过郑松涛身边时，漫不经心地把一个香蕉皮扔在地上。这时，一趟列车驶来。就在郑松涛刚要迈向列车的当口，忽然身旁出现了一个乡下人打扮的年轻姑娘，手拿一张纸，指着上面的日文，一边说“先生，请多关照”，一边朝郑松涛鞠躬。郑松涛以为她要问路，没想到小姑娘一脚踩到香蕉皮上，身体向前一滑，暗中发力，双手将郑松涛推进了铁轨。原来，这个姑娘是一名台湾特工。日本警方对郑松涛之死的调查一无所获。廖文毅却被吓得肝胆俱裂，住进了医院。此后廖文毅的“台独”调子唱的越来越低。
六，蒋经国招安廖文毅
1956年，日本每日新闻记者若菜正义来台担任特派员，经由陈火桐介绍，聘廖史豪弟弟廖史眼为每日新闻社记者，因此认识廖蔡秀鸾。若菜越了解台湾政治之后，越同情台湾反对运动人士的处境。于是作了传递廖蔡秀鸾与廖文毅之间信件往来的桥梁。廖文毅信件经由日本外务省送到日本驻台大使馆，若菜前往拿取，转给陈火桐，陈再转交廖蔡秀鸾。前后共传过四次。因是外交官专用管道，不必受台湾海关检查。信件内容大致是报告台湾现况、廖家家务和海外台独运动。后来日本驻台大使馆理事官中野将传递信件的事密告张群，因此泄漏。
1962年1月27日，台湾民主独立党地下组织遭破获，廖史豪被捕之后，同志纷纷被捕，其中包括廖文毅大姊许廖春叶、大姊家外甥许朝卿、五弟廖温进、堂弟也是廖家管家林奉恩等8人。1965年1月黄纪男、廖史豪被判死刑；林奉恩、廖温进12年；钟谦顺10年；林南增、陈嘉炘、郭振坤、廖庆瑞、郑瓜瓞5年；许朝卿6年；陈火桐12年；廖蔡秀鸾15年。共计13人，黄纪男、廖史豪、钟谦顺、许朝卿是第二次入狱。
尔后，蒋经国主导招抚，多次派人与廖周旋。国民党派出黄朝琴、丘念台、刘启光、蔡培火、林顶立等人前往游说返台，廖文毅都不为所动。于是利用这次逮捕，判廖史豪、黄纪男死刑和廖文毅大嫂、弟弟入狱，胁迫廖文毅返台救人。1965年3月，廖文毅宣布解散“台湾独立统一战线”。1965年5月，蒋经国派遣调查局找廖史豪四妹菊香，前往东京，游说廖文毅。廖菊香本来不愿意，但兄长判死刑；母亲15年徒刑，罹患心脏病和糖尿病已经相当严重；在救人情况下，不得已赴日找三叔廖文毅。五妹婿陈长秀在东京，也积极加入游说。当时国民党允诺的条件是：一、无条件释放所有与台独有关的政治犯；二、归还被没收的财产；三、政府给予相当的地位，如省府重要职务，或台糖董事长。当时的调查局长沈之岳亲自前往日本和他谈条件，订定了包括发还产业、释放廖史豪等人、出任公职等等的七项条件，双方明订契约书之后十天，他终于搭上蒋政权安排的飞机返回台湾。
台湾共和国临时政府在日本的活动，曾盛极一时，但1960年之后，问题逐渐浮上台面。临时政府内部异见出现，同志相互批判，产生裂痕。王育德结合新留学生于1960年组织“台湾青年社”，发行《台湾青年》杂志，形成另一股台独势力。双方虽有意重组，实际运作上却有困难。国民党趁机介入，收买分化，制造内哄，使得临时政府同志之间互不信任，相互牵制，甚至出走，势力逐渐衰退。
廖文毅归台之前，1960年代初期台湾发生许多变动。1960年雷震因《自由中国》和组党而被捕。蒋介石为连任第三任总统，不惜修改动员戡乱时期临时条款，废除总统只能连任1次的限制。副总统陈诚于1965年3月病逝，蒋经国失去竞争对手，逐步掌权，部署继承父亲蒋介石的事业。台湾人的反抗运动，有1961年的苏东启台独案，和1964年彭明敏、魏廷朝、谢聪敏的《台湾人民自救宣言》台独案。国际上，中华人民共和国举行核子试爆，军事力量日益壮大。美国则一步步陷入越南泥淖中而无法脱身。在这样的国内外局势之下，国民党需要营造万众归心、拥护蒋家的形象，才能抗拒大陆的威胁。因此，国民党百般设计，一方面派人到东京游说，另方面逮捕廖之亲人和台独同志，判以死刑，并以老母呼唤儿子的录音带，唤起廖的亲情思念，以此逼迫廖文毅返台，藉以表示台独无望，国民党才是台湾人民唯一的寄望。加上时任日本首相的岸信介、美国参院外交委员会主席的傅尔布莱特，都劝廖文毅回台，等待情势有变适时发挥作用，做台湾共和国的催生者。廖文毅在内外夹攻之下，终于在1965年5月14日飞回台湾，结束了他半生台独运动的奋斗。
廖文毅的归降，是台独运动的挫败，也因他的归台，台独运动转由新一代留学生撑起大旗。新世代大多接受国民党教育，与接受日本教育的上一代不同，反对国民党的层面更多元、更深入。台独运动也因之传遍世界各地，成为一股不可忽视的力量。1965年5月14日，对蒋政权而言，是一个动员所有媒体大肆宣传的日子。这一天，让蒋政权头疼了十多年的“台湾共和国临时政府”大统领廖文毅，终于被它招降回到台湾。从这一天起，廖文毅成为蒋政权的宣传样板，到处拜会、宣传，整整被耍弄了一个月。7月2日获得蒋中正接见，其余成员也陆续返台，1965年12月获中华民国政府任命为曾文水库建设委员会副主任委员，卸任后曾参与台中港的建设。
最后，除了财产归还之外，第一条与第三条并没履行。廖文毅返台，廖蔡秀鸾才获得保外就医，1965年7月2日去世。12月，廖史豪、黄纪男、廖温进特赦出狱。同案判5年、6年的人，刑满出狱。钟谦顺、林奉恩、陈火桐一直到1971年10月25日，因蒋介石特赦才出狱。入狱的同志并未因廖文毅返台而获减刑。
廖文毅返台之后，担任曾文水库副主任委员。黄纪男出狱后，就到曾文水库工作。黄纪男的小舅子张胜滨经廖文毅推荐，进入曾文水库的工程顾问公司日本工营株式会社担任司机，替日本工程师开车。日本工程师在台日之间来来往往，常会带些日本的新闻或杂志来台，有些会报导台湾和中国情势的消息。有一次，钟谦顺从谢聪敏处拿到一批有关1970年4月24日蒋经国在美国遇刺的报导资料，到曾文水库。黄纪男读后放在抽屉中，竟被撬开，拿去密告。在彭明敏未逃亡离台之前，黄纪男、钟谦顺也与之来往。1972年6月12日，黄纪男被抓，接着钟谦顺、张胜滨也被捕。黄纪男、钟谦顺各被判15年，1982年获减刑，是第3度入狱。张胜滨10年，1981年出狱。
廖文毅余生饱尝特务监视，终身不得出国。家人后来才知道，廖文毅身边最后的原住民女人，其实是调查局勾结黑道竹联帮所派去的人，目的是要蚕食鲸吞廖文毅的财产。晚年疑似因为调查局派来的秘书施子仁所找来的女看护来“照顾”而导致失明。廖文毅晚年有中风迹象，加上失明，后来并发肺炎，失去意识，于1986年5月9日病逝于台中沙鹿光田医院。
廖文毅死后还不得安宁，西螺镇公所为了规划成立酱油博物馆及农特产物流中心，把廖文毅家族墓园所在的小茄苳公墓公告迁葬，限期于2003年搬迁，期间国史馆馆长张炎宪虽曾努力想要保留，终究还是留不住，廖文毅的墓碑被国史馆台湾文献馆收藏保存。
事隔60多年后，被母亲带回美国时才两岁小儿子的独生女儿廖美文，从小觉得自己的廖姓非常特别，她向父亲询问，父亲一无所悉，后来才从当年17岁的姑姑口中略知祖父事迹之一二，而于2011年取得傅尔布莱特计划（ Fulbright Program）回西螺老家寻根。
昔日西螺首富的廖家，经历一连串的打击，早已人去楼空，当年极其风光的老宅，只剩位于西螺延平路第一银行斜角对面部分建筑，于2016年被登录为云林县历史建筑，目前屋主经营火鸡肉饭生意，最近刚整修完成，二楼的山墙上清楚可见当年两面彩绘中华民国旗及中国国民党党旗，那是廖家兄弟战后为欢迎国民政府前来接收，特地绘制上去的，现在看起来，更像在嘲讽廖家兄弟当年的一头热……
