1912年元旦南京临时政府成立时，孙中山任命宋教仁为法制局局长，起草了《临时约法》，把民国的总统制改为了内阁制。这样一来，总统只是在名义上元首，并无实权；国家实权在内阁，由内阁总理代表国家元首向议会负责。袁世凯想大权独揽，自然痛恨内阁制和内阁制的提倡者宋教仁。
宋教仁把同盟会改组为国民党后，成了该党的新领袖。在宋教仁的领导下，国民党在第一次国会选举中——1912年12月中旬的参众两院的初选和1913年2月上旬举行的复选中，国民党大获全胜。在众议院的596个议席中，国民党获得269个，占45.1%，在参议院的274个议席中，国民党获得123个，占44.9%。那时任何人想当总统，都要获得这个国会的认可。于是，宋教仁到处发表演说，猛烈抨击袁政府。
宋教仁指出：“自民国成立，迄今二载，纵观国事，几无一善状可述。”内政方面，“财政之状况，其紊乱已达极度，政府对于财政之将来全无丝毫计划，司农仰屋，惟知倚赖大借款，以为补苴弥缝之术”。于是，列强“百计要挟，以制中国之死命”。“至于民生困穷，实业不兴，政府亦无策以补救之”。外交方面，消极敷衍，无确定政策。震动全国的“库伦问题”，袁世凯事前“置之不问”，事后“亦无一定办法”，迄未“得一正当解决”。所以如此，“殆以临时政府期近，敷衍了事，以塞国民之责，不惜以万难收拾之局贻之后人，此则政府罪无可逭之处也”。这种政府，实“不如民意之政府，退步之政府”。
宋教仁意欲组织责任内阁，维护共和制度。他反复强调：“吾人第一主张，即在内阁制”，“以期造成议院政治”。对于“中央以下一省行政长官”，他认为也“当由国民选举，始能完全发现民意”。关于集权、分权，他主张“高级地方自治团体当畀以自治权力，使地方自治发达，而为政治之中心”。宋教仁提出：国民党这些主张，绝非一党“私见”，是关系能否“建设完全共和政体”的大问题，必须写进将来的宪法。
宋教仁指责袁政府，阐发国民党政见，最终是为了组织“国民党内阁”。他毫不掩饰地说：“为今之计，须亟组织完善政府；欲政府完善，须有政党内阁。今国民党即处此地位”。宋教仁甚至设计了一个在正式总统选举时以黎元洪取代袁世凯的计划。宋教仁上述言行，表达了国民党人的决心和愿望，但也引起了袁世凯北洋集团的仇恨。袁乃宽在致张镇芳的一封信中就说：“目下最讨厌者，即宋教仁一人”（《宋教仁集》下册，第458 页）。
在宋教仁离京前，袁世凯就预感形势不利，曾赠给宋50万元大洋，却遭到宋的拒绝。袁世凯也曾表示可以让宋教仁出任国务总理，条件是放弃责任内阁制，可是宋不干，宋只想通过竞选而当个不受总统胁迫的真总理。于是，袁世凯决意打倒这个政敌。他指令亲信爪牙，密切监视宋的一举一动。一天，他看到秘书处呈上宋教仁在湖北黄州的演说词，说：“口锋何必如此尖刻！”为抵制宋教仁演说的影响，打消国民党的组阁计划，冯国璋暗中主持所谓“救国团”，攻击宋“莠言乱政”，抱“总理热心，思攫现政府而代之”，并把内政、外交一切失败全部归咎于国民党“醉心权利，不能垂功德而祛私见”。
宋教仁对袁虽有所警惕，例如他曾劝说谭人凤担任粤汉铁路督办，说“此路于南方军事上的关系紧要，大局难料，一旦有事，有款有人，尤可应变”，还叮嘱程潜“湖南应从速训练军队”；但同时又认为，至少在正式国会召开前，袁尚不敢公然“撕毁约法”，与国民党为敌。他说：对国民党获得选举胜利，袁世凯“一定忌剋得很，一定要钩心斗角，设法来破坏我们，陷害我们。我们要警惕，但是我们也不必惧怯。他不久的将来，容或有撕毁约法、背叛民国的时候。我认为那个时候，正是他自掘坟墓，自取灭亡的时候。到了那个地步，我们再起来革命不迟”（《宋教仁集》下册，第456—457页）。可见，他还没有从北洋集团的肆意攻击中，嗅到火药气味。同时，当有人告知袁世凯恐有加害阴谋，劝他“先为戒备”时，他也不相信，并说：“吾一生光明磊落，平身无夙怨无私仇，光天化日之政客竞争，安有此种卑劣残忍之手段？吾意异党及官僚中人未必有此，此特谣言耳，岂以此懈吾责任心哉！”宋教仁错了。袁世凯暗杀宋教仁阴谋正在加紧进行。
这天日黑时分，一辆黑色小汽车飞驰而来，在北京政府内阁总理赵秉钧的门前嘎然停住。一个身穿貂裘大衣、头戴海獭皮礼帽的人，从车门里闪了出来，一跛一跛地溜进了赵寓。这人便是袁世凯的大公子袁克定。赵寓后宅的一间小厅里，壁炉火旺，灯光通明，不时传出一阵男人得意且淫荡的笑声和女人们娇柔造作的怪叫声。袁克定闻声，收住脚步，身子斜立在后院门前石阶上，袁克定很熟悉赵秉钧有个习惯：每天晚饭后，若无紧急公务，他总要和妻妾们在这小厅间玩一阵牌，下几盘赌注，妻妾中谁个连赢3局，这天晚上她便可得到赵的宠爱。赵寓内侍对袁克定也很熟悉，知道他此时亲自上门，必有要事。见他在院阶上驻足，侍人便匆匆往小厅跑去。
穿着长袍马褂的赵秉钧，一听来报，“哗”的一声，挥手推倒面前的麻将牌，起身离座，急步跨出小厅，迎至门前。一看来的果然是袁世凯大公子袁克定，心里不由一惊：通常到了这般时辰，这位“大爷”是绝不出门的，即使有要务急事，也都是挂个电话，叫赵秉钧去一趟罢了。今晚，到底有什么特别要紧事犯得着这位“大爷”亲自出马了？“‘大爷’驾到，未曾远迎……”赵秉钧的客套话刚一出口，袁克定一扬手，又向他瞟了一眼，他便知事非寻常，把后边的话慌忙咽下，赶紧把袁克定引到二楼一间密室内。赵秉钧刚把密室的门拴上，还未坐定，这位公子便抢先开了口：“赵叔，外面风声很紧，谅必你也有所闻了吧。国会选举揭晓后，大势不好呀！‘梁山匪魁’宋教仁趁国民党人在参众两院选举中获胜之势，借口回湖南故里省亲，在湘、鄂、皖、苏诸省，大放厥词，大肆鼓吹政党责任内阁制。这小子野心倒不小。我爹早就看出宋教仁是个不识抬举的东西！”袁克定见赵秉钧直愣愣地站着，急忙又说道：“赵叔，你想到过吗？若让这个不识抬举的东西出山组阁，到那时，‘梁山宋江’登上国务总理的宝座，你就得卷铺盖，我爹即使在位，也只能是个徒有虚名的大总统，我们的天下就算完了。”
“唉，这个‘梁山宋江’，年纪不大，手腕倒是挺厉害的，真他妈的厉害！”赵秉钧为表示效忠袁世凯，连骂了几声。“我爹说了，总统总统，就要统管天下。手上无权，听人使唤。他当总统由人摆布，仅仅是用来当聋子的耳朵——摆设，这样的总统，他是绝对不当的。”袁克定说到这里，拧开一颗大衣钮扣，伸手从内襟口袋里取出一支乌黑锃亮的小手枪，尔后又掏出一个小蜡纸包，轻轻地放在漆木桌上，沉着脸说：“我爹口谕，务必在四月初国会开会之前，把‘梁山匪魁宋江”除掉，这支手枪和5发带剧毒弹头的子弹，由你交给一个绝对可靠又有胆量的人去执行，不得有误，事成之后嘛，我爹应诺了，从向五国银行团的借款中支取10万英镑予以重赏。”赵秉钧听罢这位大少爷传达了他老子的口谕，犹如当头挨了狠狠一棒，脑子发胀，手脚发麻，两眼盯着桌子上的手枪和子弹。
“赵叔，你看这桩事，……嘿嘿……”袁克定奸笑了几声。赵秉钧立即意识到：若不马上应下这桩秘密差事，必将招致杀身之祸。他强掩着内心惊惶，赶快从太师椅上站起来，两手垂立，摆出一副十分虔诚的样子，不卑不亢地说道：“总统口谕，智庵俯首听命，绝对服从，只是这合适的人嘛……唯恐一时难以选到，不过，我将尽力物色，尽快去干！”“好！赵叔，我爹一向是把你当亲兄弟看待，这一回，就看你的了。我爹说，无论如何一定要在‘梁山宋江’回到北京之前……”袁克定没有说下去，只是用那对凶恶的眼睛瞟了下桌上的手枪和子弹。赵秉钧送走了袁克定，回到密室，视线一触及到桌上的手枪和子弹，不由地打了一个寒战，无力地坐在太师椅上，哀叹一声，垂首沉思起来。
第一届正式国会定于1913年4月8日在北京开幕，袁世凯几次打电报邀宋北上“共商国是”，于是宋决定3月20日由上海北上。当时上海已有传言，声称袁有意加害于他，许多朋友也劝阻宋教仁暂时不要去北京，但宋坦然一笑曰：“奈何以死惧之！”
3月20日晚，宋教仁在上海由黄兴、廖仲恺、于右任等人陪同，自《民立报》社赴沪宁车站，准备北上。10时40分，他们走到检票处，突然三颗罪恶子弹从背后向宋教仁射来。宋当即被送往附近铁路医院。由于伤及要害，抢救无效，于22日晨4时40分逝世，享年31岁。宋教仁临终前，于痛苦中请黄兴代笔，口授致袁世凯一电，报告枪击情形及一生致力社会改革而“不敢有一毫权利之见存”的心迹。最后说：“今国基未固，民福不增，遽尔撒手，死有余恨。伏冀大总统开诚心，布公道，竭力保障民权，俾国会得确定不拔之宪法，则虽死之日，犹生之年。”这说明宋教仁临死，也没有看透袁世凯的独裁本质。
袁世凯自以为谋划诡密，凶手又当场逃之夭夭，可以瞒天过海。他得知宋教仁死讯，颁布命令说：“前农林总长宋教仁奔走国事，缔造共和，厥功甚伟。迨统一政府成立，赞襄国务，尤能通识大体，擘画勤劳。方期大展宏猷，何意遽闻惨变？凡我国民，同深怆恻。”他并电程德全等：“立悬重赏，限期破获，按法重办。”同时，政府御用报纸大造国民党内部倾轧的谣言，以图转移视线。
但事态的发展出乎袁世凯的意料。3月23日晚上，一个买卖古董字画的河南人王阿发对捕房提供重要线索，他说：“十天前我在应桂馨的家里卖古董，因为应是我的老主顾，平素很熟，应这天拿了一张照片叫我在某时某地把这个人暗杀掉，许以事成之后给我1千元作报酬，我因为从没杀过人，就拒绝了。当时我并不知道照片上的人是谁？今天我在报上看见宋先生的照片，正是应桂馨叫我去暗杀的人，我相信如果找到了应，便可找到凶手。”上海法租界的捕房根据王阿发提供的线索，当夜在湖北路迎春坊228号胡翡云妓女（原名李桂红）的家中捉到了应桂馨。第二天又在文元坊的应宅内捉到了正凶武士英，就是他在车站开枪杀宋的，同时又搜出应桂馨和内务部秘书洪述祖往来的密电本及函电多起，五响手枪一支，还有其他证据多件。
应夔丞原为上海帮会头子，辛亥革命时攀附同盟会，得充沪军都督府谍报科长、南京临时政府庶务科长兼管孙中山侍卫队等职，但不久就被孙中山撤职。回到上海后，他重操旧业，改组青红帮为“国民共进会”，自任会长，于长江沿岸一带鼓吹所谓“二次革命”，被黎元洪通缉。袁世凯得知此人历史，以为可以利用，遂派洪述祖到上海，借商谈解散共进会为名，秘密加以收买，并由洪引见程德全，委以“江苏驻沪巡查长”，以掩护他的真实身份。袁随后致电黎元洪取消通缉令，又亲自电召他入京，借解散共进会名义，批给5万元活动经费。从此，应夔丞投靠袁世凯，成为袁在上海对付国民党人的一只恶犬。
洪述祖字荫之，生于1859年，人称“洪杀胚”，时为内务部秘书，实际上是袁世凯直接指挥的密探头目，专门负责监视和对付革命党人，是1913年暗杀宋教仁案的指挥者与部署人。早年在台湾胡作非为，台湾巡抚刘铭传拟将其正法。清朝末年做过直隶候补道，跟袁世凯的亲信唐绍仪拉上了关系。1911年武昌起义爆发后，袁世凯担任清政府的内阁总理；洪述祖曾通过唐绍仪给袁上了一道秘密条陈，建议在清政府与革命军之间玩弄手法，居于调人地位，从中渔利。此说正合当时袁的心意，袁对此条陈虽不便直接表示，却全数采纳了。此后，洪述祖就成了袁的谋臣策士。后来袁世凯政权建立，任命洪述祖为内务部秘书，于是洪成为袁世凯北洋集团的心腹死党。
正当江苏都督程德全犹豫不决之时，突然响起了尖锐的电话铃声。打电话来的人名叫张一麐，是袁世凯身边的机要秘书，这已经不是他第一次致电程德全了。致电的原因程德全早已能倒背如流：向巡捕房索取刺宋案中牵涉到中央的证据，并立刻派人送往北京，电话里还不忘特别叮咛一句：可不作正式报告！但是，在孙中山与黄兴的强烈要求下，程德全不得不将查获的函电公诸于世。从这些证件中证明：杀人的主使者是大总统袁世凯，同谋犯是国务总理赵秉钧，担任联络的是内务部秘书洪述祖，布置行凶的是上海大流氓应桂馨，直接行凶的是失业军痞武士英。武士英原名吴福铭，山西人，系一毫无政治头脑、唯知金钱的亡命徒，流窜上海不久，即被应夔丞诱骗收买，拉入共进会。袁世凯布置这些爪牙，说明杀害宋教仁是他蓄谋已久的计划。
应、武二犯落网后，袁世凯惶恐万状。3月29日，他密电程德全说：“连接南方私人来电，宋案牵涉洪述祖，是否确实？究何情节？宜速查复，以凭核办。”接着，他又电催程报告“证据”，以谋对付办法。他的机要秘书张一麐这时也多次密电程德全，要他把“牵涉中央证据向英厅索取”，派人送京，并特别叮咛说：“可不作正式报告。”但是，袁政府当时还不能完全控制江苏和上海一带，在孙中山和黄兴的强烈要求下，4月25日，程德全、应德闳不得不将查获的函电证据公诸于世。其中最重要的有以下各件：
1913年1月14日，赵秉钧致应夔丞函：“密码送请检收，以后有电直寄国务院可也（外附密码一本）。”后来因为赵太忙，乃派洪述祖到上海和应接头。1月25日，应致赵秉钧电：“国会盲争，真相已得，洪（指洪述祖）回面详。”洪赴上海接洽毕回到北京，把经过报告袁和赵，袁答应“毁宋酬勋位”，洪电应：“以后电报由洪转，不要直接向国务院联系，怕国务院人多嘴杂，容易把机密文件泄漏。”
2月1日，洪述祖致应夔丞函：“大题目总以做一篇激烈文章，方有价值也。”“激烈文章”就是催应提前动手的隐语。2日，应致赵秉钧电：“孙、黄、黎、宋运动激烈，民党忽主宋任总理。已由日本购孙、黄、宋劣史……用照辑印十万册，拟从横滨发行。”同日，洪致应夔丞函：“紧要文章已略露一句，说必有激烈举动。弟（指应）须于题前径电老赵，索一数目。”4日又函：“冬电到赵处，即交兄（洪自称）手面呈，总统阅后颇色喜，说弟颇有本事。既有把握，即望进行。”8日又函：“宋辈有无觅处，中央对此似颇注意。”12日又函：“来函已面呈总统、总理阅过，以后勿通电国务院，因智（赵秉钧字智庵）已将应密本交来，恐程君不机密，纯令归兄一手经理”（程君即程经世，时为国务院庶务秘书，曾对人言：洪述祖奉赵秉钧命去沪，临行前曾谒见袁世凯，洪到沪密电曾由他转过数次）。
3月10日，应桂馨致洪述祖电：“八厘公债，在上海指定银行，交足六六二折，买350万，请转呈，当日复。”3月13日，应致洪述祖函：“《民立》记遯初在宁之演说词，读之即知其近来之势力及趋向所在矣。事关大局，欲为釜底抽薪法，若不去宋，非特生出无穷是非，恐大局必为扰乱。”同日，洪致应夔丞电：“‘川’密‘蒸’电已交财政总长核办，债止六厘，恐折扣大，通不过。毁宋酬勋，相度机宜，妥筹办理。”14日，应致洪述祖电：“梁山匪魁（指宋）四出扰乱，危险实甚，已发紧急命令，设法剿捕之，转呈候示。”18日，洪复应夔丞电：“寒电立即照办。”次日又电：“事速照行。”21日凌晨两点，即武士英刺宋不到四小时，应致洪述祖电：“24分钟所发急令已达，请先呈报。”同日又电：“号电谅悉，匪魁已灭，我军无一伤亡，堪慰。望转呈。”当时宋教仁中弹才10多个小时，还没有死呢！应某就断定宋教仁已灭亡，说明他的子弹有毒。应某多么心中有数啊！23日，洪致应夔丞函：“号、个两电悉，不再另复。鄙人于4月7日到沪。”
这些证据的公布，暴露了袁世凯的元凶面目，不但震动了全国，也教育了许多的国民党人。他们指出：“杀一宋遯初者，非杀人也，乃打击平民政治、伸张专制政治也。”“所谓绝大之凶犯即某氏（指袁世凯）是也。……使某氏而仍为正式总统也，吾恐死者不止遯初一人，四万万同胞之生命财产将悉为所断送。”因此，国民党人强烈要求传讯赵秉钧，逮捕洪述祖，“严究主谋”，矛头直指袁世凯。上海地方检察厅宣布：票传赵秉钧出庭。这一来，袁和赵只好横了心黑了脸，宣布在北京破了一个暗杀组织，名叫“血光团”，黄兴是团长，北京法院也要票传黄兴。袁的嫡系报纸《北京国报》公然用大字标题“伟人造反”，说湖北季雨霖谋反是黄兴主使。
武士英山西人，年22岁，曾在云南当过营长，被裁后流浪到上海。他在供词中说：“宋案是我一人下手，与应夔丞无关。”应桂馨、武士英两犯是于4月16日由上海租界的会审公堂移交给上海地方检查厅看管。4月24日武士英忽然在狱中暴毙，外界传言：这是应夔丞的党羽为了杀人灭口，把毒药放入馒头送进监狱把他毒死的。
刺宋案的另一凶手应桂馨在狱中过着非常舒适的生活，他有阿芙蓉的嗜好，开始时还用手帕涂上吗啡浆过瘾，随后竟公然要求抽鸦片烟，而法院方面怕他又来一个“死无对证”，也只好特准他在狱中公开抽烟。
洪述祖在袁世凯的授意下，从容不迫地逃离北京，来到青岛德国占领区，以避风头。1913年5月3日，他还公然发出通电，吹嘘他在辛亥年“协助唐绍仪建立共和有功”，诬蔑宋教仁“借政党内阁之名，以遂其植党营私之计。”并无耻地为他们的暗杀活动辩护说：“毁宋仅欲毁其名，并无夺其生命之意，何得认为谋杀之证据？”
袁看到宋案闹得很厉害，自己陷于极不利地步；他一面加强武力镇压的准备，一面进行诡辩抵赖，并在北京举行“宋教仁先生追悼会”，授意京兆尹王治馨参加大会时相机为他解释。不料这个京兆尹是个糊涂鬼，他自作聪明地在大会上编造一段故事，他说：“去年应桂馨到了北京，向赵总理自告奋勇，要动手杀害宋先生，关于这个问题，总理曾向总统请示过，总统认为政见虽有不同，暗杀决不是个手段，所以不予同意，由此可见宋案与总统和总理都无关，完全是应桂馨和洪述祖搞的。”他的这番解释，简直是欲盖弥彰，气得袁世凯跺脚，赵秉钧扔茶碗。
1913年7月二次革命爆发时，应桂馨乘乱越狱逃进了青岛租界。袁世凯屠杀国民党起义后，应与洪述祖商量后，公然发出“请平反冤狱”的通电，，大意是：革命党人此次叛乱，宋教仁实为祸首，武士英杀贼反而受祸，功罪难平，请中央政府从速颁发明令，平反冤狱。……接着，应桂馨又发出第二道通电，称宋教仁是主谋内乱之人，却死有余荣；武士英为民除害，竟冤沉海底。国民党所实施的计划，都是宋教仁一手编制，如果没有武士英的奋身一击，如今民国真不晓得成了什么样子。我应桂馨因为这个案子，搞得骨肉分离，旧部星散，为国家而几丧其身，请中央政府一定颁发明令，为我等申冤……1913年10月20日，应桂馨大咧咧地从青岛跑到北京，随后写信给袁世凯要求兑现“毁宋酬勋位”的诺言，并狮子大开口地提出要授予他“勋二位”和50万元。袁世凯如果授予他勋位，那就等于承认他是杀宋的主犯，这让袁非常头疼。1914年1月19日，应揣着袁提供的一大笔赏金，乘津埔列车南下，火车刚过杨柳青，人们就在头等车厢里发现了应桂馨的尸体。若杀宋案是陈其美指使应某干的，洪述祖在青岛就会把陈其美的阴谋诡计和盘托出，向国民党要赏钱，怎么跑去向袁世凯要赏钱呢？洪述祖和应某最后所有的行为，都证明：袁世凯就是杀宋案的总后台。若袁世凯毫不知情，他会分文不给应，还会把宋案查个水落石出。恰恰相反，他给了应钱，最后又派军人灭了应。这就证明袁世凯是罪魁祸首。
赵秉钧因宋案引嫌辞职，不久调任为直隶都督。应的死讯传出后，天津《大公报》马上登出消息并配上评论，评论中毫无掩饰地指出：“(应)公然发电卖功，旋复大摇大摆款段入都，蛛丝马迹，宋案之底里，因不难揣测而知。”矛头直指袁世凯。赵秉钧闻说应桂馨身亡，打电话问袁世凯：“谁杀了应桂馨？”得到的回答竟是：“总统”。赵秉钧质问：“这样对待手下人，以后谁还肯替总统做事！”赵的这句话招来了杀身之祸，就在赵称病不出之时，1914年2月27日，袁世凯派医生给赵送来了药，赵吃完七窍流血而亡，死时才51岁。赵秉钧的死，使得袁世凯是刺杀宋教仁的元凶的说法缺少了最为重要的直接证据。
至于在火车上杀应桂馨的两个凶手郝占一和王双喜也都不得善终。军政执法处长陆建章督陕时，袁命郝赴陕听候任用，就命陆杀郝。王双喜听到郝被杀，惊悸哀痛，住在北京旅馆中发了疯，一会儿见宋向之怒目而视，一会儿又见应血淋淋的一身向他追魂索命，不久便死了。
京兆尹王治馨，在北京各界追悼宋教仁大会上，却说了许多欲盖弥彰的话，他以为就是替袁洗刷了。袁闻后大为光火，对王印象恶劣万分。原来王治馨也是参加刺宋案阴谋要角之一，民国3年6月，他为了500元贪赃被逮，袁立即发交步军统领看管。10月21日北京大理院宣判王死刑，并于22日执行枪毙。当时贪污横行，贿赂猖獗，区区500元不足挂齿。其实乃是袁借题发挥，杀王灭口而已。
洪述祖一直避居青岛，到1917年，大家对宋案已忘得一干二净时，他认为没有问题了，才化名张皎安回到上海，却因为债务关系，被一个德国商人扭送到巡捕房。当他偿清债务，请求原告撤消诉讼，从捕房里跑出来刚要上汽车时，就被年仅15岁的宋振吕（宋教仁的儿子）和刘白（宋的秘书）死死扭住，扭到上海法院，后来转解到北京，以主使杀人罪名于民国8年4月5日被处绞刑。
在铁的证据面前，在全国强大的舆论压力下，北京地方法庭不得不装模作样地进行审判，最后只是判处洪述祖无期徒刑。洪述祖认为判刑太重，提起上诉。北京高等法庭于1918年12月12日宣布维持原判。洪述祖却百般狡辩，以为在北洋政府中有亲朋为之说项，因而有恃无恐。他再次向北洋政府的最高法院——大理寺提起上诉。然而狡诈一生的洪述祖这次看错了形势，当时已是1919年初，“五四”运动的前夜，报刊舆论对北洋政府庇护“宋案”杀人犯进行了强烈的谴责。此时，宋教仁的儿子宋振吕也再次向北京高等检察厅提出控告。因此，北洋政府大理寺被迫以终审判决判处洪述祖死刑，于1919年4月5日上午在北京西交民巷京师分监执行绞刑。洪述祖刚套上绞索，绞机的立脚之板即被抽去，因洪的身体过于肥胖，脖颈支持不住他的全身重量，很快颈断头落，身躯坠地，鲜血直喷。执行官吏与监督人员惊呆了，立即请示司法部。司法总长与典狱长亲到刑场考查洪身首分离之原因，最后只好请来北京医学堂的三名学生，将洪的首级缝合到颈脖上，再贴上硼砂膏，第二天让其家属领回收殓了事。这就是洪述祖的最后下场，这年洪恰好是60岁。他在狱中作词以自挽，挽联是：“服官政，祸及其身，自觉问心无愧作；当乱世，生不如死，本来何处惹尘埃。”（本文参考了李新、李宗一编写的《中华民国史》第一卷以及民国史演义等书）
